Bio.PDB剩余模块¶
结构对象使用的残留类。
- class Bio.PDB.Residue.Residue(id, resname, segid)¶
基类:
Entity
代表残留物。残基物体存储原子。
- __init__(id, resname, segid)¶
初始化类。
- __repr__()¶
返回剩余的完整id。
- add(atom)¶
添加Atom对象。
检查是否添加重复原子,如果是,则引发PDBConstructionException。
- flag_disordered()¶
设置无序标志。
- is_disordered()¶
如果残数包含无序原子,则返回1。
- get_resname()¶
返回剩余名称。
- get_unpacked_list()¶
返回所有原子的列表,解压DisorderedAtoms。
- get_segid()¶
返回段标识符。
- get_atoms()¶
返回原子。
- class Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue(id)¶
-
DisorderedResidue是两个或更多残留物对象的包装器。
它用于表示点突变(例如,存在Ser60和Cys60残基,各占50%)。
- __init__(id)¶
初始化类。
- __repr__()¶
返回无序残留物完整标识符。
- add(atom)¶
把原子加到残留物上。
- sort()¶
对子残基对象中的原子进行排序。
- disordered_add(residue)¶
添加残留物对象并使用其重命名作为键。
- 参数:
残留物-残留物
- disordered_remove(resname)¶
从DisorderedResidue中删除儿童残留物。
- 参数:
resname-要删除的子残留物的名称,以字符串形式表示。