Bio.PDB剩余模块

结构对象使用的残留类。

class Bio.PDB.Residue.Residue(id, resname, segid)

基类:Entity

代表残留物。残基物体存储原子。

__init__(id, resname, segid)

初始化类。

__repr__()

返回剩余的完整id。

add(atom)

添加Atom对象。

检查是否添加重复原子,如果是,则引发PDBConstructionException。

flag_disordered()

设置无序标志。

is_disordered()

如果残数包含无序原子,则返回1。

get_resname()

返回剩余名称。

get_unpacked_list()

返回所有原子的列表,解压DisorderedAtoms。

get_segid()

返回段标识符。

get_atoms()

返回原子。

class Bio.PDB.Residue.DisorderedResidue(id)

基类:DisorderedEntityWrapper

DisorderedResidue是两个或更多残留物对象的包装器。

它用于表示点突变(例如,存在Ser60和Cys60残基,各占50%)。

__init__(id)

初始化类。

__repr__()

返回无序残留物完整标识符。

add(atom)

把原子加到残留物上。

sort()

对子残基对象中的原子进行排序。

disordered_add(residue)

添加残留物对象并使用其重命名作为键。

参数:
  • 残留物-残留物

disordered_remove(resname)

从DisorderedResidue中删除儿童残留物。

参数:
  • resname-要删除的子残留物的名称,以字符串形式表示。