Bio.PDB.实体模块

剩余类、链类、模型类和结构类的基类。

它是一个简单的容器类，具有类似列表和字典的属性。

class Bio.PDB.Entity.Entity(id)

基类：object

PDB继承的基本容器对象。

结构、模型、链和剩余是实体的子类。它处理存储和查找。

__init__(id)

初始化类。

__len__()

返回子对象的数量。

__getitem__(id)

返回具有给定id的子级。

__delitem__(id)

删除孩子。

__contains__(id)

检查是否存在具有给定id的子元素。

__iter__()

遍历子对象。

__eq__(other)

测试是否平等。这将比较full_id，包括所有父级的ID。

__ne__(other)

检验不等性。

__gt__(other)

测试大于。

__ge__(other)

测试大于或等于。

__lt__(other)

测试少于。

__le__(other)

测试小于或等于。

__hash__()

允许唯一性(设置)的哈希方法。

property id

返回标识符。

get_level()

层次结构中的返回级别。

A原子R剩余C链M型S型结构

set_parent(entity)

设置父实体对象。

detach_parent()

分离父项。

detach_child(id)

删除孩子。

add(entity)

将子项添加到实体。

insert(pos, entity)

将子项添加到实体的指定位置。

get_iterator()

对子对象返回迭代器。

get_list()

返回子列表的副本。

has_id(id)

检查具有给定ID的子项是否存在。

get_parent()

返回父实体对象。

get_id()

返回id。

get_full_id()

返回完整的id。

完整的id是一个元组，包含从顶部对象(结构)到当前对象的所有id。残留物对象的完整ID例如如下所示：

(“1abc”，0，“A”，(“”，10，“A”))

这对应于：

id为“1abc”模型的结构，id为0链，id为“A”剩余，id为(“”，10，“A”)

残基ID表示残基不是杂残基(或水)，因为它具有空白杂域，其序列标识符是10，并且其插入代码为“A”。

transform(rot, tran)

对原子坐标应用旋转和平移。

参数:

• rot (3x3 Numeric array) -- 一个右乘旋转矩阵

• tran (size 3 Numeric array) -- 平移向量

示例

这是一个不完整但具有说明性的示例：

from numpy import pi, array
from Bio.PDB.vectors import Vector, rotmat
rotation = rotmat(pi, Vector(1, 0, 0))
translation = array((0, 0, 1), 'f')
entity.transform(rotation, translation)

center_of_mass(geometric=False)

以Numpy数组的形式返回实体的质心。

如果GEOMETRY为True，则改为返回几何体的中心。

copy()

递归复制实体。

class Bio.PDB.Entity.DisorderedEntityWrapper(id)

基类：object

用于对等效实体进行分组的包装类。

这个类是一个简单的包装类，它将多个等价实体组合在一起，并将所有方法调用转发给其中一个实体(当前选定的对象)。DisorderedResidue和DisorderedAtom是此类的子类。

例如：DisorderedAtom对象包含多个Atom对象，其中每个Atom对象表示结构中无序原子的特定位置。

__init__(id)

初始化类。

__getattr__(method)

将方法调用转发给选定的子级。

__getitem__(id)

返回具有给定ID的子级。

__setitem__(id, child)

添加与特定ID相关联的子项。

__contains__(id)

检查孩子是否有给定的ID。

__iter__()

返回子对象的数量。

__len__()

返回子对象的数量。

__sub__(other)

与另一个对象相减。

__gt__(other)

如果Child大于其他，则返回。

__ge__(other)

如果Child大于或等于其他，则返回。

__lt__(other)

如果Child小于其他，则返回。

__le__(other)

如果Child小于或等于其他，则返回。

copy()

递归复制无序实体。

get_id()

返回id。

disordered_has_id(id)

检查是否存在与此ID关联的对象。

detach_parent()

分离父项。

get_parent()

返回父级。

set_parent(parent)

设置对象及其子对象的父对象。

disordered_select(id)

选择具有给定ID的对象作为当前活动对象。

未捕获的方法调用被转发到选定的子对象。

disordered_add(child)

添加无序条目。

这是由DisorderedAtom和DisorderedResidue实现的。

disordered_remove(child)

清除无序条目。

这是由DisorderedAtom和DisorderedResidue实现的。

is_disordered()

返回2，表示该实体是实体的集合。

disordered_get_id_list()

返回id列表。

disordered_get(id=None)

获取与id关联的子对象。

如果id为None，则返回当前选定的子级。

disordered_get_list()

返回子项列表。