Bio.PDB.FragmentMapper模块¶
用Kolodny等人的片段文库对蛋白质骨架结构进行分类。
它可以看作是客观二级结构分类的一种形式。仅支持长度为5或7的片段(即，存在“中心”残基)。
完整参考资料：
Kolodny R，Koehl P，Guibas L，Levitt M.蛋白质片段的小文库精确地模拟了天然蛋白质结构。J·摩尔·比奥(J Mol Biol)2002年323(2)：297-307
片段的定义文件可以从以下位置获得：
http://github.com/csblab/fragments/
您需要这些文件才能使用此模块。
下面的示例使用长度为5的10个片段的库。库文件可以在目录‘Fragment_Data’中找到。
>>> from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>> from Bio.PDB.FragmentMapper import FragmentMapper
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> model = structure[0]
>>> fm = FragmentMapper(model, lsize=10, flength=5, fdir="PDB")
>>> chain = model['A']
>>> res152 = chain[152]
>>> res157 = chain[157]
>>> res152 in fm # is res152 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
False
>>> res157 in fm # is res157 mapped? (fragment of a C-alpha polypeptide)
True
- class Bio.PDB.FragmentMapper.Fragment(length, fid)¶
基类：
object代表多肽C-α片段。
- __init__(length, fid)¶
初始化片段对象。
- 参数:
length (int) -- 片段的长度
fid (int) -- 片段的ID
- get_resname_list()¶
拿到残留物清单。
- 返回:
残留物的名字
- 返回类型:
[string, string,...]
- get_id()¶
获取片段的标识符。
- 返回:
片段的ID
- 返回类型:
int
- get_coords()¶
获取碎片中的CA坐标。
- 返回:
片段中的CA坐标
- 返回类型:
Numeric (Nx3) array
- add_residue(resname, ca_coord)¶
加入残留物。
- 参数:
resname (string) -- 残留物名称(例如Gly)。
ca_coord (Numeric array with length 3) -- 残基的c-α配位
- __len__()¶
片段的返回长度。
- __sub__(other)¶
在两个片段之间返回RMSD。
- 返回:
片段之间的RMSD
- 返回类型:
float
示例
这是一个不完整但具有说明性的示例：
rmsd = fragment1 - fragment2
- __repr__()¶
将片段对象表示为字符串。
返回<Fragment Length=L id=ID>，其中L=片段长度，ID为标识符(在库中排名)。
- class Bio.PDB.FragmentMapper.FragmentMapper(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')¶
基类：
object将模型中的多肽映射到代表性片段列表。
- __init__(model, lsize=20, flength=5, fdir='.')¶
创建FragmentMapper的实例。
- 参数:
model (L{Model}) -- 将映射的模型
lsize (int) -- 库中的片段数
flength (int) -- 库中片段的长度
fdir (string) -- 找到定义文件的目录(默认值=“.”)
- __contains__(res)¶
检查给定的残留物是否在任何映射片段中。
- __getitem__(res)¶
找个入口。
- 返回:
碎片分类
- 返回类型:
L{Fragment}