Bio.PDB.HSExposure模块

半球面曝光量和配位数的计算。

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCA(model, radius=12, offset=0)

基类：_AbstractHSExposure

类根据近似的CA-CB向量计算HSE。

使用三个连续的CA位置。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化类。

参数:

• model (L{Model}) -- 包含残基的模型

• radius (float) -- 球体半径(以CA原子为中心)

• offset (int) -- 在计算邻居数量时忽略的侧翼残基数量

pcb_vectors_pymol(filename='hs_exp.py')

编写PyMol脚本以实现可视化。

编写一个PyMol脚本，在CA坐标上可视化伪CB-CA方向。

参数:

filename (string) -- pymol脚本文件的名称

class Bio.PDB.HSExposure.HSExposureCB(model, radius=12, offset=0)

基类：_AbstractHSExposure

类根据实际的CA-CB向量计算HSE。

__init__(model, radius=12, offset=0)

初始化类。

参数:

• model (L{Model}) -- 包含残基的模型

• radius (float) -- 球体半径(以CA原子为中心)

• offset (int) -- 在计算邻居数量时忽略的侧翼残基数量

class Bio.PDB.HSExposure.ExposureCN(model, radius=12.0, offset=0)

基类：AbstractPropertyMap

残留暴露量为其CA原子周围的CA原子数。

__init__(model, radius=12.0, offset=0)

初始化类。

残基的曝光量定义为该残基的CA原子周围的CA原子的数量。返回一个字典，该字典使用L{残留物}对象作为关键字，并将残留物曝光量作为相应值。

参数:

• model (L{Model}) -- 包含残基的模型

• radius (float) -- 球体半径(以CA原子为中心)

• offset (int) -- 在计算邻居数量时忽略的侧翼残基数量