Bio.PDB.AbstractPropertyMap模块

将(chain_id，resig_id)映射到残留物属性的类。

class Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractPropertyMap(property_dict, property_keys, property_list)

基类：object

定义基类，残留物属性的映射器。

__init__(property_dict, property_keys, property_list)

初始化类。

__contains__(id)

检查映射是否具有此残差的属性。

参数:

• chain_id (char) -- 链ID

• res_id (char) -- 剩余id

示例

这是一个不完整但具有说明性的示例：

if (chain_id, res_id) in apmap:
    res, prop = apmap[(chain_id, res_id)]

__getitem__(key)

返回残数的属性。

参数:

• chain_id (char) -- 链ID

• res_id (int or (char, int, char)) -- 剩余id

返回:

一些剩余性质

返回类型:

anything (can be a tuple)

__len__()

返回该属性可用的残数。

返回:

残余物的数量

返回类型:

int

keys()

返回残留物列表。

返回:

为其计算属性的残数列表

返回类型:

[(chain_id, res_id), (chain_id, res_id),...]

__iter__()

迭代(实体，属性)列表。

类似字典的访问的便捷替代方案。

返回:

迭代器

示例

>>> entity_property_list = [
...     ('entity_1', 'property_1'),
...     ('entity_2', 'property_2')
... ]
>>> map = AbstractPropertyMap({}, [], entity_property_list)
>>> for (res, property) in iter(map):
...     print(res, property)
entity_1 property_1
entity_2 property_2

class Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractResiduePropertyMap(property_dict, property_keys, property_list)

基类：AbstractPropertyMap

定义残渣属性映射的类。

__init__(property_dict, property_keys, property_list)

初始化类。

class Bio.PDB.AbstractPropertyMap.AbstractAtomPropertyMap(property_dict, property_keys, property_list)

基类：AbstractPropertyMap

定义原子属性映射的类。

__init__(property_dict, property_keys, property_list)

初始化类。