Bio.PDB.Atom模块¶
Atom类，在Structure对象中使用。
- class Bio.PDB.Atom.Atom(name, coord, bfactor, occupancy, altloc, fullname, serial_number, element=None, pqr_charge=None, radius=None)¶
基类：
object定义Atom类。
Atom对象存储原子名称(带空格和不带空格)、坐标、B因子、占用率、备选位置说明符和(可选的)各向异性B因子以及B因子和位置的标准差。
在PQR文件的情况下，B因子和占有率由原子电荷和半径代替。
- __init__(name, coord, bfactor, occupancy, altloc, fullname, serial_number, element=None, pqr_charge=None, radius=None)¶
初始化Atom对象。
- 参数:
name (string) -- 原子名称(例如“CA”)。请注意，空格通常会被剥离。
coord (Numeric array (Float0, size 3)) -- 原子坐标(x，y，z)
bfactor (number) -- 各向同性B因子
occupancy (number) -- 入住率(0.0-1.0)
altloc (string) -- 无序原子的替代位置说明符
fullname (string) -- 原子全名，包括空格，例如“CA”。通常，这些空格会从原子名称中去掉。
element (uppercase string (or None if unknown)) -- 原子元素，例如“C”代表碳，“HG”代表汞，
pqr_charge (number) -- 原子电荷
radius (number) -- 原子半径
- __eq__(other)¶
测试等价性。
- __ne__(other)¶
检验不等式。
- __gt__(other)¶
测试大于。
- __ge__(other)¶
测试大于或等于。
- __lt__(other)¶
测试少于。
- __le__(other)¶
测试小于或等于。
- __hash__()¶
返回ATOM完整标识符。
- __repr__()¶
将Atom对象打印为<Atom ATOM_NAME>。
- __sub__(other)¶
计算两个原子之间的距离。
- 参数:
other (L{Atom}) -- 另一个原子
示例
这是一个不完整但具有说明性的示例：
distance = atom1 - atom2
- set_serial_number(n)¶
设置序列号。
- set_bfactor(bfactor)¶
设置各向同性B因子。
- set_coord(coord)¶
设置坐标。
- set_altloc(altloc)¶
设置备用位置说明符。
- set_occupancy(occupancy)¶
设置占用率。
- set_sigatm(sigatm_array)¶
设置原子参数的标准差。
原子参数的标准差由3个位置因子、1个B因子和1个占位标准差组成。
- 参数:
sigatm_array (Numeric array (length 5)) -- 原子参数的标准偏差。
- set_siguij(siguij_array)¶
设置各向异性温度系数的标准偏差。
- 参数:
siguij_array (Numeric array (length 6)) -- 各向异性温度因子的标准差。
- set_anisou(anisou_array)¶
设置各向异性B因子。
- 参数:
anisou_array (Numeric array (length 6)) -- 各向异性B因子。
- set_charge(pqr_charge)¶
装好炸药。
- set_radius(radius)¶
设置半径。
- flag_disorder()¶
将无序标志设置为1。
无序标志指示原子是否无序。
- is_disordered()¶
返回无序标志(如果无序，则返回1；否则返回0)。
- set_parent(parent)¶
设置母体残留物。
- 参数：
父残留物
- detach_parent()¶
删除对父级的引用。
- get_sigatm()¶
返回原子参数的标准差。
- get_siguij()¶
各向异性温度因子的返回标准差。
- get_anisou()¶
返回各向异性B因子。
- get_parent()¶
退还母体残留物。
- get_serial_number()¶
返回序列号。
- get_name()¶
返回原子名称。
- get_id()¶
返回原子的id(这是它的原子名称)。
- get_full_id()¶
返回原子的完整id。
原子的完整id是用于唯一标识原子的元组，由以下元素组成：(结构id、模型id、链id、残基id、原子名称、altloc)
- get_coord()¶
返回原子坐标。
- get_bfactor()¶
返回B因子。
- get_occupancy()¶
返还入住率。
- get_fullname()¶
返回原子名称，包括前导空格和尾随空格。
- get_altloc()¶
返回备用位置说明符。
- get_level()¶
返回标高。
- get_charge()¶
返还费用。
- get_radius()¶
返回半径。
- transform(rot, tran)¶
对原子坐标应用旋转和平移。
- 参数:
rot (3x3 Numeric array) -- 一个右乘旋转矩阵
tran (size 3 Numeric array) -- 平移向量
示例
这是一个不完整但具有说明性的示例：
from numpy import pi, array from Bio.PDB.vectors import Vector, rotmat rotation = rotmat(pi, Vector(1, 0, 0)) translation = array((0, 0, 1), 'f') atom.transform(rotation, translation)
- get_vector()¶
将坐标作为矢量返回。
- 返回:
作为3D矢量的坐标
- 返回类型:
Bio.PDB.Vector class
- copy()¶
创建Atom的副本。
父信息丢失。
- class Bio.PDB.Atom.DisorderedAtom(id)¶
-
包含表示同一无序原子的所有Atom对象。
这些原子中的一个是“选定的”，并且没有被DisorderedAtom捕获的所有方法调用都被转发到所选的Atom对象。通过这种方式，DisorderedAtom的行为与普通Atom完全相同。默认情况下，选定的Atom对象表示占用率最高的Atom对象，但是可以使用disorded_select(Altloc)方法选择不同的Atom对象。
- __init__(id)¶
创建DisorderedAtom。
- 参数：
ID-字符串，原子名称
- __iter__()¶
遍历无序的原子。
- __repr__()¶
返回无序原子标识符。
- center_of_mass()¶
以Numpy数组的形式返回DisorderedAtom的重心。
假设所有子原子具有相同的质量(相同的元素)。
- disordered_get_list()¶
返回ATOM实例列表。
按altloc对子对象进行排序(先为空，然后按字母顺序)。
- disordered_add(atom)¶
添加一个无序原子。
- disordered_remove(altloc)¶
从DisorderedAtom中删除子原子altloc。
- 参数：
altloc-要删除的altloc的名称，以字符串形式表示。
- transform(rot, tran)¶
将旋转和平移应用于所有子对象。
有关详细信息，请参阅Atom.Transform的文档。