Bio.PDB.Chain模块

Chain类，在Structure对象中使用。

class Bio.PDB.Chain.Chain(id)

基类：Entity

定义链类。

链是实体类型的对象，存储残基，并包括从残基获取原子的方法。

__init__(id)

初始化类。

__gt__(other)

验证id是否大于其他.id。

__ge__(other)

验证id是否大于或等于其他.id。

__lt__(other)

验证id是否小于其他.id。

__le__(other)

验证id是否小于或等于其他id。

__getitem__(id)

返回具有给定id的余数。

残基的ID是(杂合标志、序列标识符、插入代码)。如果id是int，则由_late_id方法将其转换为(“”，id，“”)。

参数：

• ID-(String，int，String)或int

__contains__(id)

检查此链中是否存在具有给定id的残数。

参数：

• ID-(String，int，String)或int

__delitem__(id)

删除项目。

参数：

• ID-(String，int，String)或int

__repr__()

返回链标识符。

get_unpacked_list()

返回无序残基列表。

一些残基对象隐藏了几个无序残基(DisorderedResidue对象)。此方法将它们解包，即。它返回一个简单残差对象的列表。

has_id(id)

如果存在具有给定id的残数，则返回1。

残基的ID是(杂合标志、序列标识符、插入代码)。

如果id是int，则由_late_id方法将其转换为(“”，id，“”)。

参数：

• ID-(String，int，String)或int

get_residues()

返还残留物。

get_atoms()

从残留物中返回原子。

atom_to_internal_coordinates(verbose: bool = False) → None

从Atom X、Y、Z坐标创建/更新内部坐标。

内部坐标是键合长度、角度和二面角。

参数:

bool (verbose) -- 缺省FALSE描述运行时问题

internal_to_atom_coordinates(verbose: bool = False, start: Optional[int] = None, fin: Optional[int] = None)

从内部坐标创建/更新原子坐标。

参数:

bool (verbose) -- 缺省FALSE描述运行时问题

参数:

开始，FIN列出序列位置，插入要处理的子区域的开始、结束代码

抛出:

Exception -- 如果任何链没有.pic属性