Bio.PDB.DSSP模块¶
使用DSSP程序计算二级结构和可访问性。
您需要有DSSP的工作版本(以及免费供学术使用的许可证)才能使用它。有关DSSP,请参阅http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/.
可以使用以下可访问表面积(ASA)值,默认为SANDER和ROST值:
- 米勒
Miller等人的研究成果。1987年https://doi.org/10.1016/0022-2836(87)90038-6
- 砂光机
桑德和罗斯特1994年https://doi.org/10.1002/prot.340200303
- 威尔克
Ten等人。2013年https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080635
此处使用的二级结构的DSSP代码为:
代码
结构
H
α螺旋(4-12)
B
分离的β-桥基残留物
E
钢绞线
G
3-10个螺旋
I
PI螺旋
T
转弯
S
本德
-
无
用法¶
DSSP类可用于在PDB或mmCIF文件上运行DSSP,并提供DSSP二级结构和可访问性的句柄。
Note 该DSSP只能处理一个模型,并且只能对提供的PDB文件中的第一个模型运行计算。
示例¶
典型用法::
from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB.DSSP import DSSP
p = PDBParser()
structure = p.get_structure("1MOT", "/local-pdb/1mot.pdb")
model = structure[0]
dssp = DSSP(model, "/local-pdb/1mot.pdb")
请注意,DSSP-2软件包中最新的DSSP可执行文件已重命名为 dssp
至 mkdssp
。如果使用最新的DSSP版本,您可能需要提供DSSP可执行文件的名称::
dssp = DSSP(model, '/local-pdb/1mot.pdb', dssp='mkdssp')
DSSP数据通过元组-(链ID,残基ID)::
a_key = list(dssp.keys())[2]
dssp[a_key]
为单个残基返回的dssp数据是以下形式的元组:
元组索引
价值
0
DSSP索引
1
氨基酸
2
二级结构
3
相对ASA
4
PHI
5
PSI
6
NH-->O_1_relidx
7
NH-->O_1_能
8
O-->NH_1_relidx
9
O-->NH_1能量
10
NH-->O_2_reldx
11
NH-->O_2能量
12
O-->NH_2_reldx
13
O-->NH_2能量
- Bio.PDB.DSSP.ss_to_index(ss)¶
要索引的次要结构符号。
H=0 E=1 C=2
- Bio.PDB.DSSP.dssp_dict_from_pdb_file(in_file, DSSP='dssp')¶
从PDB文件创建DSSP字典。
- 参数:
- in_file字符串
PDB文件
- DSSP字符串
DSSP可执行文件(子进程的参数)
- 退货:
- (out_dict, keys)元组
将(链ID、残基)映射到氨基酸类型、二级结构代码和可访问性的字典。
示例
如何使用dssp_dict_frompdb_file::
from Bio.PDB.DSSP import dssp_dict_from_pdb_file dssp_tuple = dssp_dict_from_pdb_file("/local-pdb/1fat.pdb") dssp_dict = dssp_tuple[0] print(dssp_dict['A',(' ', 1, ' ')])
- Bio.PDB.DSSP.make_dssp_dict(filename)¶
DSSP字典将标识符映射到属性。
从DSSP文件返回映射(chainid、resid)到aa、ss和可访问性的DSSP字典。
- 参数:
- filename字符串
DSSP输出文件
- class Bio.PDB.DSSP.DSSP(model, in_file, dssp='dssp', acc_array='Sander', file_type='')¶
-
运行DSSP并解析二级结构和可访问性。
在PDB/mmCIF文件上运行DSSP,并提供DSSP二级结构和可访问性的句柄。
Note 该DSSP只能处理一个型号。
示例
如何使用DSSP::
from Bio.PDB import PDBParser from Bio.PDB.DSSP import DSSP p = PDBParser() structure = p.get_structure("1MOT", "/local-pdb/1mot.pdb") model = structure[0] dssp = DSSP(model, "/local-pdb/1mot.pdb") # DSSP data is accessed by a tuple (chain_id, res_id) a_key = list(dssp.keys())[2] # (dssp index, amino acid, secondary structure, relative ASA, phi, psi, # NH_O_1_relidx, NH_O_1_energy, O_NH_1_relidx, O_NH_1_energy, # NH_O_2_relidx, NH_O_2_energy, O_NH_2_relidx, O_NH_2_energy) dssp[a_key]
- __init__(model, in_file, dssp='dssp', acc_array='Sander', file_type='')¶
创建一个DSSP对象。
- 参数:
- model型号
结构的第一个模型
- in_file字符串
PDB文件或DSSP文件。
- dssp字符串
dssp可执行文件(即子进程的参数)
- acc_array字符串
由Miller等人提供的可访问表面积(ASA)。(1987),Sander&Rost(1994),或Wilke:Ten et al.2013年,作为弦桑德/威尔克/米勒。默认为SANDER。
- file_type: string
文件类型开关:PDB、MMCIF或DSSP。默认情况下从文件扩展名推断。