Bio.PDB.ResidueDepth模块¶
利用命令行工具MSMS计算残余深度
该模块使用Michel Sanner的MSMS程序进行曲面计算。请参阅：http://mgltools.scripps.edu/packages/MSMS
残留物深度是残留物原子与溶剂可及表面的平均距离。
残留物深度：：
from Bio.PDB.ResidueDepth import ResidueDepth
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("1a8o", "Tests/PDB/1A8O.pdb")
model = structure[0]
rd = ResidueDepth(model)
print(rd['A',(' ', 152, ' ')])
直接MSMS接口，典型用途：：
from Bio.PDB.ResidueDepth import get_surface
surface = get_surface(model)
曲面是包含所有曲面顶点的数值数组。
到曲面的距离：：
from Bio.PDB.ResidueDepth import min_dist
coord = (1.113, 35.393, 9.268)
dist = min_dist(coord, surface)
其中coord是由表面约束的体积内的原子的coord(即，原子深度)。
要计算残基深度(残基中原子的平均原子深度)，请执行以下操作：
from Bio.PDB.ResidueDepth import residue_depth
chain = model['A']
res152 = chain[152]
rd = residue_depth(res152, surface)
- Bio.PDB.ResidueDepth.get_surface(model, MSMS='msms')¶
将分子表面表示为顶点列表数组。
返回表示分子表面顶点列表的Numpy数组。
- 参数：
MSMS-MSMS可执行文件(用作subprocess.call的参数)
- Bio.PDB.ResidueDepth.min_dist(coord, surface)¶
返回坐标和曲面之间的最小距离。
- Bio.PDB.ResidueDepth.residue_depth(residue, surface)¶
残基深度为其所有原子的平均深度。
返回残基中所有原子到表面的平均距离，即。残留物的深度。
- Bio.PDB.ResidueDepth.ca_depth(residue, surface)¶
返回CA Depth。