Bio.PDB.SASA模块

Bio.PDB实体溶剂可及表面积的计算

使用Shrake&Rupley算法开发的“滚球”算法，该算法使用一个(与溶剂分子半径相等的)球体来探测分子的表面。

参考资料：

题名/责任者：A.(1973)。J·摩尔生物：“环境与蛋白质原子、溶菌酶和胰岛素的溶剂暴露”。

class Bio.PDB.SASA.ShrakeRupley(probe_radius=1.40, n_points=100, radii_dict=None)

基类：object

使用Shrake-Rupley算法计算SASA。

__init__(probe_radius=1.40, n_points=100, radii_dict=None)

初始化类。

参数:

• probe_radius (float) -- 默认情况下，探针的半径是1.40，大致相当于水分子的半径。

• n_points (int) -- 每个原子表面的分辨率。默认值为100。点数越多，测量越精确，但会减慢计算速度。

• radii_dict (dict) -- 用户提供的用于计算的原子半径字典。值将替换/补充默认ATOM_RADII字典中的值。

示例：>sr=shrakerupley()>sr=shrakerupley(n_point=960)>sr=shrakerupley(Radii_dict={“O”：3.1415})

compute(entity, level='A')

计算实体的表面辅助功能表面积。

生成的原子表面可访问性值附加到每个实体(或原子)的.sasa属性，具体取决于级别。例如，如果LEVEL=“R”，则所有残留物都将具有.sasa属性。原子将始终被分配一个.sasa属性及其各自的值。

参数:

• entity (Bio.PDB.Entity) -- 输入实体。

• level -- 指定ASA值的级别，可以是“A”(原子)、“R”(残渣)、“C”(链)、“M”(模型)或“S”(结构)之一。实体的ASA值是其子项的所有ASA值之和。默认为“A”。

示例：>从Bio.PDB导入PDBParser>p=PDBParser(Quiet=1)>struct=p.get_Structure(“1LCD”，“pdb/1LCD.pdb”)>sr=ShrakeRupley()>sr.computer(struct，level=“S”)>Print(round(struct.sasa，2))7053.43>打印(round(struct [0] ["A"] [11] [“OE1”] .sasa，2))9.64