Bio.PDB.SCADIO模块

SCADIO：编写OpenSCAD程序创建蛋白质结构三维模型。

3D打印是一种蛋白质结构，由于打印时的整体复杂性和支持悬垂区域的一般要求，这不是一项微不足道的练习。此软件是生成用于打印的模型(例如STL文件)的路径，并不解决将模型转换为物理产品的相关问题。opensad<http://www.openscad.org/>可以根据该软件生成的脚本创建可打印的模型。MeshMixer<http://www.meshmixer.com/>，各种切片器软件和可用的3D打印机技术提供了解决物理渲染模型问题的选项。

我建议使用这里提供的OpenSCAD脚本生成初始模型，然后根据需要修改该脚本。更改AtomScale和bondRadius值可以通过移除间隙和相应的支承需求来简化模型，或者您可能希望修改hedronDispatch()例程，以选择残基或链部分进行单独打印，然后使用可旋转的键连接。在此开发阶段，您可能会有您的版本 include 仅此处生成的数据矩阵，通过使用 includeCode-False WRITE_SCAD()的选项。修改了此处生成的脚本的示例项目是<https://www.thingiverse.com/thing:3957471>.

Bio.PDB.SCADIO.write_SCAD(entity, file, scale=None, pdbid=None, backboneOnly=False, includeCode=True, maxPeptideBond=None, handle='protein')

将Hedron程序集作为OpenSCAD矩阵写入文件。

由于缩放、围绕环的显式结合以及设置输出模型的坐标空间的要求，此例程同时调用INTERNAL_TO_ATOM_COLISTRATES()和ATOM_TO_INTERNAL_COLISTRATES()。

输出数据格式主要为：

  • 每个Hedron的矩阵：

    len1，angle2，len3，原子共价键类，指示在先前的Hedron中表示的原子/键的标志(具有冗余重叠元素的OpenSCAD非常慢)，键特征的标志

  • 变换矩阵将每个面元组装成剩余二面体集合

  • 将每个残数的矩阵变换为链中的位置

此Python文件中包含OpenSCAD软件，用于将这些矩阵处理为适合3D打印项目的模型。

参数:

  • entity -- 要导出的Biopython PDB结构实体结构数据

  • file -- 要写入数据的Bipoython AS_HANDLE文件名或打开的文件指针文件

  • scale -- STL输出的浮点单位(通常为毫米)，写入输出

  • pdbid -- 字符串PDB idcode，写入输出。如果未提供，且未在实体中设置“idcode”，则默认为“0PDB”

  • backboneOnly -- 布尔默认值False如果为True，则不输出超过Cbeta的侧链数据

  • includeCode -- Bool Default True包括OpenSCAD软件(以下为内联)，以便可以将输出文件加载到OpenSCAD中；如果为False，则仅输出数据矩阵

  • maxPeptideBond -- 可选 [浮动] 缺省无覆盖IC_CHAIN类中的截止值(缺省为1.4)，以检测断链。如果你的目标有断链，在这里传递一个很大的数字来创建跨越断链的非常长的“键”。

  • handle -- str，生成的OpenSCAD矩阵结构顶层的默认“protein”名称