Deeptools2.0的变化

重大变化

备注

主要变化包括 提高效率 ， 新的排序数据类型 和 附加绘图 尤其是质量控制。

此外，deeptools模块现在可以被其他的python程序使用。这个 Deeptools API示例 是新文档的一部分。

适应其他数据类型

  • 现在可以计算相关性和比较 Bigwig文件 （除了BAM文件之外）使用 multiBigwigSummary 和 bigwigCompare

  • RNA-seq: 现在本机支持拆分读取

  • MNase-seq: 使用新选项 --MNase 在里面 bamCoverage 现在，我们只能在考虑每个映射片段的2个中心碱基对的情况下计算读覆盖率。

结构更新

  • 所有模块都有全面和自动的测试，评估代码修改后的正常功能。

  • 稳定性虚拟化：我们现在提供 docker 通过Galaxy图像和方便地部署Deeptools toolshed .

  • 由于阅读了OCS和 sphinx .

  • API是公开的，并且有文档记录。

重命名的工具

提高效率

  • 我们大大改进了 速度 与Bigwig相关的工具 (多大人物概要 和 computeMatrix ）通过使用新的 pyBigWig module .

  • 现在可以基于 多个bigwig文件 一次完成（见 计算机 ， 地图 和 绘图配置文件 例如）

  • computeMatrix 现在还接受多个输入床文件。每一个都被视为一个样本中的一个组，并且是独立绘制的。

  • 我们补充说 用于处理BAM文件的其他筛选选项 ，减少使用Deeptools以外的工具进行预先过滤的需要： --samFlagInclude 和 --samFlagExclude 例如，参数只能用于在分析中包括（或排除）正向读取。

  • 我们将读取计数表的生成与之前由 bamCorrelate . 现在，读取计数首先使用 multiBamSummary 或 multiBigWigCoverage 所得到的输出文件可用于计算和绘制使用 plotCorrelation 或用于进行主成分分析，使用 plotPCA .

新功能和工具

  • 相关性分析不再局限于BAM文件——Bigwig文件也是可能的！（见 多大人物概要 ）

  • 现在，即使数据包含NaN，也可以计算相关系数。

  • 补充 新质量控制 工具：

  • 增加了 层次聚类 ，另外 k -意味着 plotProfile 和 plotHeatmap

  • plotProfile 有更多的选择来制作引人注目的摘要情节

微小变化

更改的参数名称和设置

  • computeMatrix 现在可以读取具有DOS换行符的文件。

  • --missingDataAsZero 重命名为 --skipNonCoveredRegions 为了清楚起见 bamCoverage 和 bamCompare .

  • 读扩展是可选的，我们消除了为大多数工具指定默认片段长度的需要： --fragmentLength 因此被新的可选参数替换 --extendReads .

  • 添加的选项 --skipChromosomes 到 multiBigwigSummary 例如，它可以用来跳过所有“随机”染色体。

  • 添加了向质量控制图添加标题的选项。

错误修复

  • 解决了由 numpy version 1.10 在里面 computeMatrix .

  • 改进的绘图功能 plotProfile 当用作绘图类型时：“重叠的线条”和“heatmap”

  • 固定床间隔问题 multiBigwigSummary 和 multiBamSummary 返回错误标记的原始计数。

  • multiBigwigSummary 现在，当样本之间的名称以“chr”前缀不同时（例如chr1与1），染色体也被认为是相同的。

  • 修复了在BAM文件中错误标记为正确读取对的问题。我们现在有额外的检查来确定一个读对是否是一个合适的对：读必须面对面并且不允许超过平均片段长度的4倍。

  • 为了 bamCoverage 和 bamCompare ，的行为 scaleFactor 更新到现在，如果结合标准化选项给出 (--normalizeTo1x 或 --normalizeUsingRPKM ，给定的比例因子将与各自标准化方法计算的因子相乘。

deepTools Galaxy <http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de> _.

code @ github <https://github.com/deeptools/deepTools/> _.