安装

请记住--DeepTool可用于 command line usage 以及为了 integration into Galaxy servers 好了！

命令行安装使用 conda

安装DeepTool(包括其要求)的推荐方式是通过 miniconda 或 anaconda 。

$ conda install -c bioconda deeptools

命令行安装使用 pip

DeepTool也可以使用以下方式安装 pip 。您可以从以下位置安装最新版本 pypi ：

$ pip install deeptools

或具有以下功能的特定版本：

$ pip install deeptools==3.5.3

如果您想安装未发布或开发版本，也可以从存储库中安装DeepTool：

$ git clone https://github.com/deeptools/deepTools.git
$ cd deepTools
$ pip install .

Galaxy安装

DeepTool可以轻松地集成到本地 Galaxy 。所有包装器和依赖项都可以在 Galaxy Tool Shed 。

通过Galaxy API安装（推荐）

首先生成一个 API Key ，然后运行安装脚本：

$ python ./scripts/api/install_tool_shed_repositories.py \
        --api YOUR_API_KEY -l http://localhost/ \
        --url https://toolshed.g2.bx.psu.edu/ \
        -o bgruening -r <revision> --name suite_deeptools \
        --tool-deps --repository-deps --panel-section-name deepTools

这个 -r 参数指定deeptools的版本。您可以从测试工具棚或使用以下命令获取最新版本号：：：

$ hg identify https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bgruening/suite_deeptools

您可以在以下位置查看安装状态：顶部面板——>管理——>管理已安装的工具棚存储库

通过Web浏览器安装

• 转到 admin page

• 选择 搜索和浏览工具棚

• Galaxy工具棚——>序列分析——>Deeptools

• 安装Deeptools

deepTools Galaxy <http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de> _.

code @ github <https://github.com/deeptools/deepTools/> _.