在银河系中使用深度工具

Galaxy 是一个非常有用的平台,由宾夕法尼亚州立大学和埃默里大学的银河系团队开发。该平台旨在提供对各种生物信息学工具的访问,这些工具无需计算机编程经验即可使用。这意味着,Galaxy的基本特性将应用于每种工具,即在Galaxy框架内提供的每种工具看起来都非常相似,并且将遵循Galaxy的概念。

我们的公开Deeptools Galaxy实例可以在这里找到: deeptools.ie-freiburg.mpg.de . 这个服务器还包含一些额外的工具,可以让用户从对齐的读取开始分析和可视化来自高吞吐量排序实验的数据。

目录

银河系的基本特征

Galaxy是一个基于网络的数据密集型生物信息学研究平台,由宾夕法尼亚州立大学和约翰霍普金斯大学开发。原来的星系可以找到 here .

由于不可能满足所有的生物信息学需求——从进化分析到质谱分析到高通量DNA测序(甚至更大范围)的数据——通过一个单一的网络服务器,许多研究所已经安装了自己版本的Galaxy平台,并将其调到红外特定需求。

我们的 deepTools Galaxy 是专门用来分析高通量DNA测序数据的服务器。然而,这个Web服务器的总体构成与任何其他Galaxy安装都是一样的,所以如果您以前使用过Galaxy,您将很快学会使用deeptools!

起始站点

以下是开始站点的大致外观截图:

../_images/Gal_startsite.png

起始站点包含4个主要功能:

顶部菜单

离开实际分析部分进入银河系其他部分的通道,例如 工作流共享数据 .

工具面板

可以做什么? 查找此Galaxy实例中安装的所有工具

主机架

我在做什么? 这是你的主菜 工作空间 一旦你选择了一个工具,就需要你的输入。

历史记录面板

我做了什么? 历史就像是 日志 你所做的一切都记录在这里。

对于那些视觉学习者,下面是一个带注释的屏幕截图:

../_images/Gal_startsite_with_comments.png

细节

在工具面板的默认状态下,可以看到 工具类别 例如“获取数据”。如果你点击它们,你会看到 单个工具 属于每个类别,例如“从您的计算机上载文件”、“UCSC主表浏览器”和“Biomart中央服务器”,以防您单击“获取数据”。要使用诸如“从计算机上载文件”之类的工具,只需单击它。

这个 tool *search* panel 非常有用,因为它允许您输入一个关键字(例如“bam”),这将导致在工具名称中提到关键字的所有工具。

一旦你上传了任何类型的数据,你会发现在右手边的历史被绿色瓷砖填满。每个图块对应于您上载或创建的一个数据集。数据集可以是图像、原始序列文件、文本文件、表格——实际上是任何东西。数据集的内容 不能 被修改-每次你想改变什么 在内部 一个数据文件(例如,您要对值进行排序、添加一行或剪切一列),您必须使用Galaxy工具,该工具将导致 new 正在生成数据集。对于星系新手来说,这种行为常常令人困惑(因为历史往往很快积累数据集),但有必要实施严格的记录政策。 每次修改 到给定的数据集。尽管您的历史可能充满了具有奇怪名称的数据集,但您将始终能够跟踪每个文件的来源和发展。此外,每个数据集都可以单独下载到您的计算机上。或者,您可以 下载 整个历史或 分享 与其他用户的历史记录。

请看下面的屏幕截图,了解Galaxy为您保留了多少信息(这使得复制任何分析都非常可行):

../_images/Gal_screenshot_dataSet.png

每个数据集可以有4种不同的状态,它们可以直观地进行颜色编码:

../_images/Gal_screenshot_dataSetStates.png

处理失败的文件

如果在运行工具后遇到失败的文件,请执行以下步骤( 按这个顺序 ):

  1. 点击失败数据集左下角的中心按钮。 (i) :您选择了 更正数据文件 是吗?

  2. 如果您确定选择了正确的文件,请点击 re-run button (左下角的蓝色箭头)-再次检查文件是否有 正确的文件格式 . 如果怀疑格式可能分配不正确(例如,应该是bed文件的文件被标记为表格文件),请单击 edit button 输入数据文件的(铅笔)-在那里您可以更改相应的属性

  3. 如果您已经检查了输入数据并且错误持续存在,请单击 green bug (失败数据集的左下角)并发送 错误报告 对我们来说。您不需要指明有效的电子邮件地址,除非您希望我们在问题解决后与您联系。

工作流

工作流相当于Galaxy的协议。这是一个非常有用的功能,因为它允许用户 分享他们的协议和生物信息学分析 以非常简单和透明的方式。这是Galaxy工作流的图形表示,可通过工作流手册中的拖放功能轻松修改(您必须在Deeptools Galaxy中注册,才能生成自己的工作流或编辑已发布的工作流)。

../_images/Gal_workflow.png

更多帮助

提示

如果遇到故障数据集(用红色标记),请 发送错误报告 通过Galaxy Bug报告按钮,如果您指出您的电子邮件地址,我们将与您联系。

http://wiki.galaxyproject.org/Learn

一般银河系使用帮助

deepTools Galaxy FAQs

我们的特定银河系实例经常遇到的问题

Biostars

对于常见问题解答中未解决的问题

deepTools Galaxy <http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de> _.

code @ github <https://github.com/deeptools/deepTools/> _.