我能在深海星系中找到哪些工具？

如前所述，每个星系装置都可以根据个人兴趣进行调整。我们的目标是提供一个能让你 quality check, process and normalize and subsequently visualize your data obtained by high-throughput DNA sequencing .

小技巧

如果您不知道BAM和bed文件之间的区别，那就好了。你可以在我们的 NGS术语表 .

小技巧

有关更具体的帮助，请查看 Galaxy相关常见问题以及逐步协议 .

我们提供以下工具：

深成土 

最重要的类别是 “深海石油” 它包含了我们开发的所有主要工具。

用于BAM和Bigwig文件处理的工具 

`multiBamSummary`	获取binned基因组或用户指定区域的读取计数
`multiBigwigSummary`	计算组合基因组或用户指定区域的得分汇总
`correctGCBias`	获取一个根据基因组GC含量分布的读取数据的BAM文件
`bamCoverage`	获取单个BAM文件的规范化读取覆盖率
`bamCompare`	相互规范化2个BAM文件（例如log2ratio、difference）
`bigwigCompare`	将两个bigwig文件的分数互相规范化（例如，比率）
`bigwigAverage`	多个大咖文件的平均得分
`computeMatrix`	计算热图和汇总图所需的值

NGS数据质量控制工具 

`plotCorrelation`	计算并可视化阅读计数（或其他分数）的成对斯皮尔曼或皮尔逊相关性。
`plotPCA`	执行PCA并可视化结果
`plotFingerprint`	评估芯片富集强度
`bamPEFragmentSize`	获取配对末端样本的平均片段长度
`computeGCBias`	通过计算对齐读取的预期和观察到的GC分布来评估GC偏差。
`plotCoverage`	获取单个BAM文件的规范化读取覆盖率

热图和汇总图 

`plotHeatmap`	用每个基因组区域一行的热图可视化读取计数或其他分数
`plotProfile`	使用平均配置文件（例如，元基因配置文件）可视化读取计数或其他分数

对于每个工具，您可以在选择该工具后在Galaxy中找到示例用法和提示。

此外，您还可以查看我们的页面示例用法特别是逐步协议 .

使用文本文件和表格 

除了专门为处理NGS数据而开发的deeptools外，我们还集成了一些标准的Galaxy工具，使您能够处理标签分隔的文件，如基因列表、峰值列表、数据矩阵等。

主要有3类；

文本操作 

与Excel不同的是，在Excel中，您可以通过鼠标轻松地与文本和表格交互，Galaxy中的数据操作严格基于命令。

如果你想做点什么柱对于一个数据集，请浏览该类别的工具！

示例操作包括： 添加列 正在提取列 并排粘贴两个文件 选择随机行*等。

这种类型的一个非常有用的工具叫做 Trim ：如果需要 从列中删除一些字符 ，这个工具是给你的！（例如，有时需要调整来自不同来源的两个文件之间的染色体命名-使用 Trim ，您可以删除染色体名称前面的“chr”）。

提示

如果遇到故障数据集（用红色标记），请 发送错误报告 通过Galaxy Bug报告按钮，如果您指出您的电子邮件地址，我们将与您联系。

http://wiki.galaxyproject.org/Learn	一般Galaxy使用帮助
deepTools Galaxy FAQs	我们的特定Galaxy实例经常遇到的问题
Biostars	对于常见问题解答中未解决的问题

deepTools Galaxy <http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de> _.

code @ github <https://github.com/deeptools/deepTools/> _.

我能在深海星系中找到哪些工具？

深成土 

用于BAM和Bigwig文件处理的工具 

NGS数据质量控制工具 

热图和汇总图 

使用文本文件和表格 

文本操作 

筛选和排序 

加、减、组 

表格基本运算 