Bio.PDB.PICIO模块

PICIO：读写蛋白质内部坐标(.ic)数据文件。

Bio.PDB.PICIO.read_PIC(file: TextIO, verbose: bool = False) → Structure

从文件加载蛋白质内部坐标(.ic)数据。

PIC文件格式：

• 注释行以#开头

• (可选)PDB标题记录

  • 建议使用ID码和付款日期，但可选

  • PDB格式或Biopython更改的沉积日期

• (可选)PDB标题记录

• 重复：

  • Biopython残留物全ID-设置返回结构的残留物ID

  • (可选)链启动的PDB N、CA、C ATOM记录

  • (可选)残留物的PIC Hedra记录

  • (可选)残留物的PIC Dihedra记录

  • (可选)列出原子键和b因子的BFAC记录

改进将定义HOH(水)条目的相对位置。

如果存在O，则在装配中忽略N.B.二面体(I-1)C-N-CA-CB。

默认情况下，使用O-C-CA-CB放置C-beta，但某些PDB文件残留物中缺少O，这意味着无法放置侧链。提供备用CB路径(I-1)C-N-CA-CB来避免这一点，但如果需要这样做，则必须结合PHI((I-1)C-N-CA-C)进行调整，因为它们重叠。(i-1)出于一致性和信息(例如统计信息收集)目的，C-N-CA-CB默认包含在.ic文件中，否则二面体仅在需要它的少数情况下才会出现。

参数:

• file (Bio.File) -- 文件名或句柄

• verbose (bool) -- 当线路不符合预期时抱怨

返回:

Biopython结构对象，具有.Internal_coord属性但除了链起始N、CA、C原子之外没有坐标的残基(如果提供)， OR 分析失败时无(静默，除非Verbose=True)

Bio.PDB.PICIO.enumerate_atoms(entity)

确保实体中的所有原子都设置了SERIAL_NUMBER。

Bio.PDB.PICIO.pdb_date(datestr: str) → str

将yyyy-mm-dd日期转换为dd-月-yy。

Bio.PDB.PICIO.write_PIC(entity, file, pdbid=None, chainid=None)

将蛋白质内部坐标(PIC)写入文件。

有关文件格式，请参见READ_PIC()。递归到较低的实体级别(M、C、R)。

参数:

• entity (Entity) -- Biopython PDB实体对象：S、M、C或R

• file (Bio.File) -- 文件名或句柄

• pdbid (str) -- PDB IDCODE，如果未提供，则从实体读取

• chainid (char) -- PDB链ID，根据需要从C级别entity.id设置

抛出:

• PDBException -- 如果实体级别不是S、M、C或R

• Exception -- 如果实体没有.Level属性