Bio.PDB.PSEA模块

PSEA的包装器，一个用于二级结构分配的程序。

请参阅P-SEA的引文，pmid：9183534

Labesse G，Colloc‘h N，Pothier J，Mornon J-P：P-SEA：C_α二级结构的一种新的有效归属。计算机应用BIOSCI 1997，13：291-295

ftp://ftp.lmcp.jussieu.fr/pub/sincris/software/protein/p-sea/

Bio.PDB.PSEA.run_psea(fname)

运行PSEA并返回输出文件名。

请注意，这假设P-SEA二进制文件名为“PSEA”，并且它在路径上。

请注意，P-SEA将使用扩展名为“.Sea”的输入文件名在当前目录中写入输出文件。

请注意，P-SEA将在运行时将输出写入终端。

Bio.PDB.PSEA.psea(pname)

解析PSEA输出文件。

Bio.PDB.PSEA.psea2HEC(pseq)

将PSEA二级结构字符串转换为HEC。

Bio.PDB.PSEA.annotate(m, ss_seq)

将二级结构信息应用于模型中的残基。

class Bio.PDB.PSEA.PSEA(model, filename)

基类：object

定义PSEA类。

PSEA对象是用于二级结构分配的PSEA程序的包装器。

__init__(model, filename)

初始化类。

get_seq()

返回二级结构字符串。