Bio.PDB.PDBParser模块¶

PDB文件的解析器。

class Bio.PDB.PDBParser.PDBParser(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)¶

基类：object

解析PDB文件并返回Structure对象。

__init__(PERMISSIVE=True, get_header=False, structure_builder=None, QUIET=False, is_pqr=False)¶

创建一个PDBParser对象。

PDB解析器调用聚合的结构构建器对象中的许多标准方法。通常，此对象由PDBParser对象本身实例化，但如果用户提供了他/她自己的结构构造器对象，则使用后者。

参数：

允许性-评估为布尔值。如果为false，则构造SMCRA数据结构中的异常是致命的。如果为true(默认)，则会捕获异常，但会缺少一些残基或原子。这些异常是由于PDB文件中的问题！
GET_HEADER-保留未使用的参数以保持历史兼容性。
Structure_Builder-一个可选的用户实现的Structure_Builder类。
Quiet-评估为布尔值。如果为TRUE，则在构建SMCRA数据时发出的警告将被抑制。如果为False(默认值)，则会显示它们。这些警告可能表示PDB文件中存在问题！
IS_PQR-评估为布尔值。指定要解析的文件类型。如果为false(默认)，则假定为.pdb文件格式。如果要解析.pqr文件，请将其设置为true。

get_structure(id, file)¶

返回结构。

参数：