Bio.PopGen.GenePop软件包

子模块

• Bio.PopGen.GenePop.Controller模块
  • GenePopController
    • GenePopController.__init__()
    • GenePopController.test_pop_hz_deficiency()
    • GenePopController.test_pop_hz_excess()
    • GenePopController.test_pop_hz_prob()
    • GenePopController.test_global_hz_deficiency()
    • GenePopController.test_global_hz_excess()
    • GenePopController.test_ld()
    • GenePopController.create_contingency_tables()
    • GenePopController.test_genic_diff_all()
    • GenePopController.test_genic_diff_pair()
    • GenePopController.test_genotypic_diff_all()
    • GenePopController.test_genotypic_diff_pair()
    • GenePopController.estimate_nm()
    • GenePopController.calc_allele_genotype_freqs()
    • GenePopController.calc_diversities_fis_with_identity()
    • GenePopController.calc_diversities_fis_with_size()
    • GenePopController.calc_fst_all()
    • GenePopController.calc_fst_pair()
    • GenePopController.calc_rho_all()
    • GenePopController.calc_rho_pair()
    • GenePopController.calc_ibd_diplo()
    • GenePopController.calc_ibd_haplo()
• Bio.PopGen.GenePop.EasyController模块
  • EasyController
    • EasyController.__init__()
    • EasyController.get_basic_info()
    • EasyController.test_hw_pop()
    • EasyController.test_hw_global()
    • EasyController.test_ld_all_pair()
    • EasyController.estimate_nm()
    • EasyController.get_heterozygosity_info()
    • EasyController.get_genotype_count()
    • EasyController.get_fis()
    • EasyController.get_alleles()
    • EasyController.get_alleles_all_pops()
    • EasyController.get_allele_frequency()
    • EasyController.get_multilocus_f_stats()
    • EasyController.get_f_stats()
    • EasyController.get_avg_fis()
    • EasyController.get_avg_fst_pair()
    • EasyController.get_avg_fst_pair_locus()
    • EasyController.calc_ibd()
• Bio.PopGen.GenePop.FileParser模块
  • read()
  • FileRecord
    • FileRecord.__init__()
    • FileRecord.__str__()
    • FileRecord.start_read()
    • FileRecord.skip_header()
    • FileRecord.seek_position()
    • FileRecord.skip_population()
    • FileRecord.get_individual()
    • FileRecord.remove_population()
    • FileRecord.remove_locus_by_position()
    • FileRecord.remove_loci_by_position()
    • FileRecord.remove_locus_by_name()
    • FileRecord.remove_loci_by_name()
• Bio.PopGen.GenePop.LargeFileParser模块
  • get_indiv()
  • read()
  • Record
    • Record.__init__()
    • Record.data_generator()

模块内容

使用GenePop的代码。

请参阅http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/，其格式记录在此处：http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/help_input.html。

类：记录保存GenePop数据。

功能：READ将GenePop记录(文件)解析为Record对象。

部分灵感来自Medline代码。

Bio.PopGen.GenePop.get_indiv(line)

提取线路上各个信息的详细信息。

Bio.PopGen.GenePop.read(handle)

解析包含GenePop文件的句柄。

Handle是一个类似文件的对象，其中包含GenePop记录。

class Bio.PopGen.GenePop.Record

基类：object

保存GenePop记录中的信息。

成员：

• MARKER_LEN标记长度(每个等位基因2或3位代码)。

• COMMENT_LINE注释行。

• LOCI_LIST区域名称列表。

• POP_LIST人口名称列表。

• 人口数据的人口列表。

在大多数基因流行文件中，种群名称是不可信的。强烈建议按索引引用种群。

每个种群有一个元素。每个元素本身是一个个体列表，每个个体是一个由个体名称和等位基因列表组成的对(每个标记2个，单倍体1个)：示例：：

[
    [
        ('Ind1', [(1,2),    (3,3), (200,201)],
        ('Ind2', [(2,None), (3,3), (None,None)],
    ],
    [
        ('Other1', [(1,1),  (4,3), (200,200)],
    ]
]

__init__()

初始化类。

__str__()

返回(重新构造)GenePop文本表示形式。

split_in_pops(pop_names)

拆分字典中的GP记录，每个条目1个POP。

给定具有n个POP和m个LOCI的记录，将返回记录字典(键POP_NAME)，其中每个项目都是具有单个POP和m个LOCI的记录。

参数：-POP_NAMES-人口名称

split_in_loci(gp)

拆分字典中的GP记录，每个条目有一个位置。

给定具有n个位置和m个位置的记录，将返回记录字典(键位置名称)，其中每个项目都是一个具有单个位置和n个位置的记录。

remove_population(pos)

删除人口(按位置)。

remove_locus_by_position(pos)

按位置删除轨迹。

remove_locus_by_name(name)

按名称删除轨迹。