Bio.PopGen.GenePop.FileParser模块¶
解析大型GenePop文件的代码。
该类与标准Bio.PopGen.GenePop.Record类的不同之处在于，该类不会将整个文件读取到内存。它提供了迭代器接口，速度较慢，但会消耗大量乱七八糟的内存。应与大文件(数千个标记和个人)一起使用。
请参阅http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/，其格式记录在此处：http://wbiomed.curtin.edu.au/genepop/help_input.html。
- 班级：
FileRecord保存GenePop数据。
功能：
- Bio.PopGen.GenePop.FileParser.read(fname)¶
解析包含GenePop文件的文件。
fname是包含GenePop记录的文件名。
- class Bio.PopGen.GenePop.FileParser.FileRecord(fname)¶
基类：
object保存GenePop记录中的信息。
属性：-mark_len标记长度(每个等位基因2或3位代码)。-COMMENT_LINE注释行。-loci_list区域名称列表。
方法：-GET_INSERNAL返回当前群体中的下一个个体。-SKIP_Population跳过当前人口。
SKIP_Population跳过当前群体中的个体，如果有更多群体，则返回True。
GET_INSERNAL返回当前群体中的一个个体(如果列表结束，则返回NONE)。
每个个体是由个体名称和等位基因列表组成的一对(每个标记2个，单倍体数据1个)。示例：
('Ind1', [(1,2), (3,3), (200,201)] ('Ind2', [(2,None), (3,3), (None,None)] ('Other1', [(1,1), (4,3), (200,200)]
- __init__(fname)¶
初始化类。
- __str__()¶
返回(重新构造)GenePop文本表示形式。
这可能会占用大量内存。标记长度将为3。
- start_read()¶
开始解析包含GenePop文件的文件。
- skip_header()¶
跳过标题。待重新开业后再做。
- seek_position(pop, indiv)¶
在文件中查找某个位置。
- 参数：
弹出位置(0表示第一个)
独立-流行音乐中的个人
- skip_population()¶
跳过当前人口。如果存在另一弹出窗口，则返回TRUE。
- get_individual()¶
抓住下一个人。
如果当前群体中有更多个人，则返回个人信息。如果当前群体中没有更多的个体，但有更多的群体，则返回True。下一次阅读将是以下POP。如果位于文件末尾，则返回False。
- remove_population(pos, fname)¶
删除人口(按位置)。
- 参数：
位置-位置
fname-要创建并删除填充的文件
- remove_locus_by_position(pos, fname)¶
按位置删除轨迹。
- 参数：
位置-位置
fname-要在删除位置的情况下创建的文件
- remove_loci_by_position(positions, fname)¶
按位置删除一组轨迹。
- 参数：
职位-职位
fname-要在删除位置的情况下创建的文件
- remove_locus_by_name(name, fname)¶
按名称删除轨迹。
- 参数：
名称-名称
fname-要在删除位置的情况下创建的文件
- remove_loci_by_name(names, fname)¶
删除地区列表(按名称)。
- 参数：
姓名-姓名
fname-要创建并删除区域的文件