Bio.PopGen.GenePop.EasyController模块

通过更简单的界面控制GenePop。

此接口的效率低于标准的GenePopControler

class Bio.PopGen.GenePop.EasyController.EasyController(fname, genepop_dir=None)

基类：object

定义一个类，以便与GenePop程序进行更轻松的接口。

__init__(fname, genepop_dir=None)

初始化控制器。

genpopdir是GenePop所在的目录。

该二进制文件应称为GenePOP(大写G)

get_basic_info()

从文件中获取人口列表和地区列表。

test_hw_pop(pop_pos, test_type='probability')

在给定位置执行Hardy-Weinberg测试。

test_hw_global(test_type='deficiency', enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

进行Hardy-Weinberg全球杂合子检测。

test_ld_all_pair(locus1, locus2, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

对每个群体中的每对基因座进行连锁不平衡检验。

estimate_nm()

估计Nm。只是一座简易的桥。

get_heterozygosity_info(pop_pos, locus_name)

返回群体中某个位点的杂合度信息。

回报(预期纯合子、观察纯合子、预期杂合子、观察杂合子)

get_genotype_count(pop_pos, locus_name)

返回特定人群和位点的基因型计数。

get_fis(pop_pos, locus_name)

返回特定人群和位置的FIS。

低于CW意味着Cockerham和Weir，RH意味着Robertson和Hill。

返回一对：

• 词典 [等位基因] =(重复计数，频率，fis CW)，每个等位基因的信息

• 具有总等位基因数的三元组，fis CW，fis RH

get_alleles(pop_pos, locus_name)

返回特定群体和位点的等位基因。

get_alleles_all_pops(locus_name)

返回特定群体和位点的等位基因。

get_allele_frequency(pop_pos, locus_name)

计算群体中某个位点的等位基因频率。

get_multilocus_f_stats()

返回多点F统计信息。

解释求平均值。返回fis(Cw)、fst、fit

get_f_stats(locus_name)

返回轨迹的F个统计数据。

返回fis(Cw)、fst、fit、qtra、qinter

get_avg_fis()

计算基于身份的平均FI。

get_avg_fst_pair()

计算所有群体对的等位基因大小-基数平均FI。

get_avg_fst_pair_locus(locus)

计算给定位点所有群体对的等位基因大小-基数平均FI。

calc_ibd(is_diplo=True, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)

根据距离统计计算二倍体或单倍体的隔离度。