Bio.PopGen.GenePop.Controller模块

模块来控制GenePop。

class Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController(genepop_dir=None)

基类:object

定义一个与GenePop程序交互的类。

__init__(genepop_dir=None)

初始化控制器。

genpopdir是GenePop所在的目录。

该二进制文件应称为GenePOP(大写G)

test_pop_hz_deficiency(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

杂合子缺乏症采用Hardy-Weinberg试验。

返回包含字典Wehre字典的填充迭代器 [轨迹] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。

如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。

test_pop_hz_excess(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

杂合子缺乏症采用Hardy-Weinberg试验。

返回包含字典的填充迭代器,其中DICTIONARY [轨迹] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。

如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。

test_pop_hz_prob(fname, ext, enum_test=False, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

采用基于概率的Hardy-Weinberg检验。

返回2个迭代器和一个最终元组:

  1. 返回包含以下内容的位置迭代器:
    • 一本词典 [pop_pos] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。如果信息不可用,某些弹出窗口会显示无。Se可能为None(对于枚举)。

    • 费氏试验结果(CHI2,自由度,探针法)。

  2. 返回包含以下内容的总体迭代器:
    • 一本词典 [轨迹] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。

    • 费氏试验结果(CHI2,自由度,探针法)。

  3. 最终元组(Chi2,deg free,Prob)。

test_global_hz_deficiency(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

使用Global Hardy-Weinberg杂合子缺乏症检测。

返回包含以下内容的三元组:
  • 包含(POP_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个总体的列表。如果信息不可用,某些弹出窗口会显示无。Se可能为None(对于枚举)。

  • 包含(LOUS_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个位置的列表。如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。

  • 总体结果(P-VAL、SE、交换机)。

test_global_hz_excess(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

使用全球Hardy-Weinberg杂合子过剩检验。

返回包含以下内容的三元组:
  • 包含(POP_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个总体的列表。如果信息不可用,某些弹出窗口会显示无。Se可能为None(对于枚举)。

  • 包含(LOUS_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个位置的列表。如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。

  • 总体结果(P-VAL、SE、交换机)

test_ld(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

对每个群体中每对基因座进行连锁不平衡检验。

create_contingency_tables(fname)

关于创建基因型联想表的规定。

test_genic_diff_all(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

为所有群体提供基因分化。

test_genic_diff_pair(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

为所有种群对提供基因分化。

test_genotypic_diff_all(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

规定所有群体的基因型分化。

test_genotypic_diff_pair(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)

为所有群体对提供基因型区分的规定。

estimate_nm(fname)

估计移民的数量。

参数:
  • fname-文件名

退货
  • 平均样本量

  • 个体等位基因的平均频率

  • Ne=10的移民人数

  • Ne的移民人数=25

  • Ne=50的移民人数

  • 经预期规模修正后的移民人数

calc_allele_genotype_freqs(fname)

计算每个位点和每个样本的等位基因和基因型频率。

参数:
  • fname-文件名

返回包含2个元素的元组:
  • 种群迭代器,具有

    • 人口名称

    • 以(Allele1,Allele2,观察到,期望)(期望纯合子,观察到hm,期望杂合子,观察HT)等位基因频率/FIS字典为基因型列表,以等位基因为关键字和(计数,频率,fis Weir&Cockerham)的等位基因字典(key=locus name and content tuple)为基因型列表

    • 成对合计

    • 计数

    • Fis Weir&Cockerham,

    • 菲斯·罗伯逊和希尔

  • 轨迹迭代器,带

    • 轨迹名称

    • 等位基因列表

    • 具有三元组的人口列表

      • 人口名称

      • 与上述等位基因列表顺序相同的等位基因频率列表

      • 基因数量

将创建名为fname.INF的文件

calc_diversities_fis_with_identity(fname)

计算基于同一性的基因多样性和FIS。

calc_diversities_fis_with_size(fname)

向计算机提供基于等位基因大小的基因多样性和FIS。

calc_fst_all(fname)

执行GenePop并获取fst/fis/fit(所有种群)。

参数:
  • fname-文件名

退货:
  • (multiLocusFis、multiLocusFst、Multilocus Fit)、

  • 元组迭代器(位置名称、fis、fst、Fit、qtra、qinter)

将创建一个名为 fname.FST

这不会返回基因型频率。

calc_fst_pair(fname)

根据等位基因单位估计所有种群对的空间结构。

calc_rho_all(fname)

根据等位基因大小估计所有群体的空间结构的规定。

calc_rho_pair(fname)

根据等位基因大小估计所有群体对的空间结构的规定。

calc_ibd_diplo(fname, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)

对二倍体数据按距离统计计算隔离度。

有关参数详细信息,请参见_calc_ibd。

请注意,每个POP只能有一个个体,并且个体名称必须是样本坐标。

calc_ibd_haplo(fname, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)

根据距离统计计算单倍体数据的隔离度。

有关参数详细信息,请参见_calc_ibd。

请注意,每个POP只能有一个个体,并且个体名称必须是样本坐标。