Bio.PopGen.GenePop.Controller模块¶
模块来控制GenePop。
- class Bio.PopGen.GenePop.Controller.GenePopController(genepop_dir=None)¶
基类:
object
定义一个与GenePop程序交互的类。
- __init__(genepop_dir=None)¶
初始化控制器。
genpopdir是GenePop所在的目录。
该二进制文件应称为GenePOP(大写G)
- test_pop_hz_deficiency(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
杂合子缺乏症采用Hardy-Weinberg试验。
返回包含字典Wehre字典的填充迭代器 [轨迹] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。
如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。
- test_pop_hz_excess(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
杂合子缺乏症采用Hardy-Weinberg试验。
返回包含字典的填充迭代器,其中DICTIONARY [轨迹] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。
如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。
- test_pop_hz_prob(fname, ext, enum_test=False, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
采用基于概率的Hardy-Weinberg检验。
返回2个迭代器和一个最终元组:
- 返回包含以下内容的位置迭代器:
一本词典 [pop_pos] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。如果信息不可用,某些弹出窗口会显示无。Se可能为None(对于枚举)。
费氏试验结果(CHI2,自由度,探针法)。
- 返回包含以下内容的总体迭代器:
一本词典 [轨迹] =(P-VAL,SE,FIS-WC,FIS-RH,STEPS)。如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。
费氏试验结果(CHI2,自由度,探针法)。
最终元组(Chi2,deg free,Prob)。
- test_global_hz_deficiency(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
使用Global Hardy-Weinberg杂合子缺乏症检测。
- 返回包含以下内容的三元组:
包含(POP_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个总体的列表。如果信息不可用,某些弹出窗口会显示无。Se可能为None(对于枚举)。
包含(LOUS_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个位置的列表。如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。
总体结果(P-VAL、SE、交换机)。
- test_global_hz_excess(fname, enum_test=True, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
使用全球Hardy-Weinberg杂合子过剩检验。
- 返回包含以下内容的三元组:
包含(POP_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个总体的列表。如果信息不可用,某些弹出窗口会显示无。Se可能为None(对于枚举)。
包含(LOUS_NAME、P-VAL、SE、Switches)的每个位置的列表。如果信息不可用,则某些区域的位置为“无”。Se可能为None(对于枚举)。
总体结果(P-VAL、SE、交换机)
- test_ld(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
对每个群体中每对基因座进行连锁不平衡检验。
- create_contingency_tables(fname)¶
关于创建基因型联想表的规定。
- test_genic_diff_all(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
为所有群体提供基因分化。
- test_genic_diff_pair(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
为所有种群对提供基因分化。
- test_genotypic_diff_all(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
规定所有群体的基因型分化。
- test_genotypic_diff_pair(fname, dememorization=10000, batches=20, iterations=5000)¶
为所有群体对提供基因型区分的规定。
- estimate_nm(fname)¶
估计移民的数量。
- 参数:
fname-文件名
- 退货
平均样本量
个体等位基因的平均频率
Ne=10的移民人数
Ne的移民人数=25
Ne=50的移民人数
经预期规模修正后的移民人数
- calc_allele_genotype_freqs(fname)¶
计算每个位点和每个样本的等位基因和基因型频率。
- 参数:
fname-文件名
- 返回包含2个元素的元组:
种群迭代器,具有
人口名称
以(Allele1,Allele2,观察到,期望)(期望纯合子,观察到hm,期望杂合子,观察HT)等位基因频率/FIS字典为基因型列表,以等位基因为关键字和(计数,频率,fis Weir&Cockerham)的等位基因字典(key=locus name and content tuple)为基因型列表
成对合计
计数
Fis Weir&Cockerham,
菲斯·罗伯逊和希尔
轨迹迭代器,带
轨迹名称
等位基因列表
具有三元组的人口列表
人口名称
与上述等位基因列表顺序相同的等位基因频率列表
基因数量
将创建名为fname.INF的文件
- calc_diversities_fis_with_identity(fname)¶
计算基于同一性的基因多样性和FIS。
- calc_diversities_fis_with_size(fname)¶
向计算机提供基于等位基因大小的基因多样性和FIS。
- calc_fst_all(fname)¶
执行GenePop并获取fst/fis/fit(所有种群)。
- 参数:
fname-文件名
- 退货:
(multiLocusFis、multiLocusFst、Multilocus Fit)、
元组迭代器(位置名称、fis、fst、Fit、qtra、qinter)
将创建一个名为
fname.FST
。这不会返回基因型频率。
- calc_fst_pair(fname)¶
根据等位基因单位估计所有种群对的空间结构。
- calc_rho_all(fname)¶
根据等位基因大小估计所有群体的空间结构的规定。
- calc_rho_pair(fname)¶
根据等位基因大小估计所有群体对的空间结构的规定。
- calc_ibd_diplo(fname, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)¶
对二倍体数据按距离统计计算隔离度。
有关参数详细信息,请参见_calc_ibd。
请注意,每个POP只能有一个个体,并且个体名称必须是样本坐标。
- calc_ibd_haplo(fname, stat='a', scale='Log', min_dist=0.00001)¶
根据距离统计计算单倍体数据的隔离度。
有关参数详细信息,请参见_calc_ibd。
请注意,每个POP只能有一个个体,并且个体名称必须是样本坐标。