Bio.PDB.NACCESS模块

NACCESS程序的接口。

请参阅：http://wolf.bms.umist.ac.uk/naccess/原子溶剂可用面积计算

二进制文件可能出现的错误：默认值通常是由于accall.pars中的默认设置较低所致-例如，max cubes错误：accall.pars中的更改并重新编译二进制文件

使用naccess-y、naccess-h或naccess-w包括HETATM记录

Bio.PDB.NACCESS.run_naccess(model, pdb_file, probe_size=None, z_slice=None, naccess='naccess', temp_path='/tmp/')

对PDB文件运行naccess。

Bio.PDB.NACCESS.process_rsa_data(rsa_data)

处理.rsa输出文件：残留量SAASA数据。

Bio.PDB.NACCESS.process_asa_data(rsa_data)

处理.asa输出文件：原子级SASA数据。

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基类：AbstractResiduePropertyMap

为残渣属性映射定义NACCESS类。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化类。

class Bio.PDB.NACCESS.NACCESS_atomic(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

基类：AbstractAtomPropertyMap

为原子属性映射定义NACCESS原子类。

__init__(model, pdb_file=None, naccess_binary='naccess', tmp_directory='/tmp')

初始化类。