Bio.PDB.NeighborSearch模块

使用KD树的快速原子邻居查找(用C实现)。

class Bio.PDB.NeighborSearch.NeighborSearch(atom_list, bucket_size=10)

基类：object

用于邻居搜索的类。

此类可用于两个相关目的：

1. 查找给定查询位置半径内的所有原子/残基/链/模型/结构。

2. 找到彼此在固定半径内的所有原子/残基/链/模型/结构。

NeighborSearch使用用C实现的KDTree类来提高速度。

__init__(atom_list, bucket_size=10)

创建对象。

参数：

• ATOM_LIST-原子列表。此列表在查询中使用。它可以包含来自不同结构的原子。

• bucket_size-KD树的存储桶大小。如果你愿意，你可以玩弄这个来优化速度。

search(center, radius, level='A')

邻居搜索。

返回中心半径内至少有一个原子的所有原子/残基/链/模型/结构。返回的实体级别(例如原子或残基)由级别决定(A=原子、R=残基、C=链、M=模型、S=结构)。

参数：

• 中心-数字数组

• 半径-浮点

• Level-Charr(A，R，C，M，S)

search_all(radius, level='A')

所有邻居搜索。

搜索半径内具有原子对的所有实体。

参数：

• 半径-浮点

• Level-Charr(A，R，C，M，S)