Bio.AlignIO.NexusIO模块

Bio.AlignIO支持“nexus”文件格式。

您需要通过Bio.AlignIO函数使用此模块(如果您想要直接处理有间隙的序列，则通过Bio.SeqIO函数)。

另请参见Bio.Nexus模块(此代码在内部调用该模块)，因为它提供的不仅仅是将比对或其序列作为SeqRecord对象进行访问。

Bio.AlignIO.NexusIO.NexusIterator(handle, seq_count=None)

从Nexus文件返回SeqRecord对象。

因此使用Bio.Nexus模块来完成繁重的工作。

您需要通过Bio.SeqIO或Bio.AlignIO调用此函数(不能直接使用)。

注意-我们预计每个Nexus文件只有一个对齐矩阵，这意味着此迭代器将只生成一个MultipleSeqAlignment。

class Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter(handle)

基类：AlignmentWriter

Nexus对齐编写器。

请注意，Nexus文件预计仅包含一个对齐矩阵。

您需要通过Bio.AlignIO.write()或Bio.SeqIO.write()函数调用该类。

write_file(alignments)

使用此选项可以写入包含给定路线的整个文件。

参数：

• 对齐-返回MultipleSeqAlignment对象的列表或迭代器。这应该保持一条且只有一条路线。

write_alignment(alignment, interleave=None)

将对齐方式写入文件。

创建一个空的Nexus对象，添加序列，然后让Nexus准备输出。默认交错行为：如果列>1000则交错-->用交错=覆盖 [True/False]