Bio.AlignIO.MsfIO模块

Bio.AlignIO支持GCG MSF格式。

该文件格式是由GCG PileUp和LocalPileUp工具生成的，后来的工具(如T-Cafee和Muscle)支持将其作为可选输出格式。

原始的GCG工具会在每个序列的末端写入间隙，这些间隙可能会以代字号形式缺失数据 (~ )，而内部间隙是句号 (. )取而代之的是。此解析器将两者替换为减号 (- )与中国的睡觉保持一致 Bio.AlignIO 。

您需要通过Bio.AlignIO函数使用此模块(如果您想要直接处理有间隙的序列，则通过Bio.SeqIO函数)。

class Bio.AlignIO.MsfIO.MsfIterator(handle, seq_count=None)

基类：AlignmentIterator

GCG MSF对齐迭代器。

__next__()

从句柄解析下一个对齐方式。