Bio.AlignIO.MauveIO模块¶
Bio.AlignIO支持来自Mauve/ProgressiveMauve的“xmfa”输出。
您需要通过Bio.AlignIO函数使用此模块(如果您想要直接处理有间隙的序列，则通过Bio.SeqIO函数)。
例如，考虑一个包含以下内容的Progress siveMauve对齐文件：
#FormatVersion Mauve1
#Sequence1File a.fa
#Sequence1Entry 1
#Sequence1Format FastA
#Sequence2File b.fa
#Sequence2Entry 2
#Sequence2Format FastA
#Sequence3File c.fa
#Sequence3Entry 3
#Sequence3Format FastA
#BackboneFile three.xmfa.bbcols
> 1:0-0 + a.fa
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------------
> 2:5417-5968 + b.fa
TTTAAACATCCCTCGGCCCGTCGCCCTTTTATAATAGCAGTACGTGAGAGGAGCGCCCTAAGCTTTGGGAAATTCAAGC-
--------------------------------------------------------------------------------
CTGGAACGTACTTGCTGGTTTCGCTACTATTTCAAACAAGTTAGAGGCCGTTACCTCGGGCGAACGTATAAACCATTCTG
> 3:9476-10076 - c.fa
TTTAAACACCTTTTTGGATG--GCCCAGTTCGTTCAGTTGTG-GGGAGGAGATCGCCCCAAACGTATGGTGAGTCGGGCG
TTTCCTATAGCTATAGGACCAATCCACTTACCATACGCCCGGCGTCGCCCAGTCCGGTTCGGTACCCTCCATGACCCACG
---------------------------------------------------------AAATGAGGGCCCAGGGTATGCTT
=
> 2:5969-6015 + b.fa
-----------------------
GGGCGAACGTATAAACCATTCTG
> 3:9429-9476 - c.fa
TTCGGTACCCTCCATGACCCACG
AAATGAGGGCCCAGGGTATGCTT
这是具有多个对齐区段的多序列比对，因此您可能需要使用Bio.AlignIO.parse()函数加载此序列：
>>> from Bio import AlignIO
>>> align = AlignIO.parse("Mauve/simple_short.xmfa", "mauve")
>>> alignments = list(align)
>>> for aln in alignments:
... print(aln)
...
Alignment with 3 rows and 240 columns
--------------------------------------------...--- a.fa
TTTAAACATCCCTCGGCCCGTCGCCCTTTTATAATAGCAGTACG...CTG b.fa/5416-5968
TTTAAACACCTTTTTGGATG--GCCCAGTTCGTTCAGTTGTG-G...CTT c.fa/9475-10076
Alignment with 2 rows and 46 columns
-----------------------GGGCGAACGTATAAACCATTCTG b.fa/5968-6015
TTCGGTACCCTCCATGACCCACGAAATGAGGGCCCAGGGTATGCTT c.fa/9428-9476
附加信息从XMFA文件中提取，并通过每个记录的注释属性获得：
>>> for record in alignments[0]:
... print(record.id, len(record))
... print(" start: %d, end: %d, strand: %d" %(
... record.annotations['start'], record.annotations['end'],
... record.annotations['strand']))
...
a.fa 240
start: 0, end: 0, strand: 1
b.fa/5416-5968 240
start: 5416, end: 5968, strand: 1
c.fa/9475-10076 240
start: 9475, end: 10076, strand: -1
- class Bio.AlignIO.MauveIO.MauveWriter(*args, **kwargs)¶
-
淡紫色/XMFA对齐写入器。
- __init__(*args, **kwargs)¶
初始化类。
- write_alignment(alignment)¶
使用此选项将(另一个)单对齐写入打开的文件。
请注意，序列及其注释是一起记录的(而不是先记录挡路注释，然后再记录比对序列的挡路)。