Bio.AlignIO.Interfaces模块¶
AlignIO支持模块(非通用)。
除非您正在为Bio.AlignIO编写新的解析器或编写器,否则不应使用此模块。它提供基类来尝试和简化事情。
- class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentIterator(handle, seq_count=None)¶
基类:
object
用于生成MultipleSeqAlignment迭代器的基类。
您应该编写next()方法来返回对齐对象。您可能希望重新定义 __init__ 方法。
- __init__(handle, seq_count=None)¶
创建一个AlignmentIterator对象。
- 参数:
句柄-输入文件
计数-可选,对于FASTA文件格式建议的每个对齐的预期记录数。
- 子类化时请注意:
应该有一个非可选参数、句柄和可选计数按该顺序排列。
您可以添加其他可选参数。
- __next__()¶
返回文件中的下一条路线。
应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。
- __iter__()¶
将条目作为MultipleSeqAlignment对象迭代。
(串接的)Phylip文件的用法示例:
with open("many.phy","r") as myFile: for alignment in PhylipIterator(myFile): print("New alignment:") for record in alignment: print(record.id) print(record.seq)
- class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter(handle)¶
基类:
object
用于生成MultipleSeqAlignment编写器的基类。
您应该编写一个Write_Alignment()方法。您可能希望重新定义 __init__ 方法。
- __init__(handle)¶
初始化类。
- write_file(alignments)¶
使用此选项可以写入包含给定路线的整个文件。
- 参数:
对齐-返回MultipleSeqAlignment对象的列表或迭代器
通常,每个文件只能调用此方法一次。
应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。它应该返回路线的数量。
- clean(text)¶
使用此选项可避免在输出中出现换行符。
- class Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter(handle)¶
-
用于生成MultipleSeqAlignment编写器的基类。
这假设每个对齐方式都可以简单地附加到文件中。您应该编写一个Write_Alignment()方法。您可能希望重新定义 __init__ 方法。
- __init__(handle)¶
初始化类。
- write_file(alignments)¶
使用此选项可以写入包含给定路线的整个文件。
- 参数:
对齐-返回MultipleSeqAlignment对象的列表或迭代器
通常,每个文件只能调用此方法一次。
- write_header()¶
使用此选项可以写入任何标题。
应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。
使用此选项可以写入任何页脚。
应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。
- write_alignment(alignment)¶
使用此选项可写入单个对齐方式。
应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。