Bio.AlignIO.Interfaces模块

AlignIO支持模块(非通用)。

除非您正在为Bio.AlignIO编写新的解析器或编写器，否则不应使用此模块。它提供基类来尝试和简化事情。

class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentIterator(handle, seq_count=None)

基类：object

用于生成MultipleSeqAlignment迭代器的基类。

您应该编写next()方法来返回对齐对象。您可能希望重新定义 __init__ 方法。

__init__(handle, seq_count=None)

创建一个AlignmentIterator对象。

参数：

  • 句柄-输入文件

  • 计数-可选，对于FASTA文件格式建议的每个对齐的预期记录数。

子类化时请注意：

  • 应该有一个非可选参数、句柄和可选计数按该顺序排列。

  • 您可以添加其他可选参数。

__next__()

返回文件中的下一条路线。

应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。

__iter__()

将条目作为MultipleSeqAlignment对象迭代。

(串接的)Phylip文件的用法示例：

with open("many.phy","r") as myFile:
    for alignment in PhylipIterator(myFile):
        print("New alignment:")
        for record in alignment:
            print(record.id)
            print(record.seq)
class Bio.AlignIO.Interfaces.AlignmentWriter(handle)

基类：object

用于生成MultipleSeqAlignment编写器的基类。

您应该编写一个Write_Alignment()方法。您可能希望重新定义 __init__ 方法。

__init__(handle)

初始化类。

write_file(alignments)

使用此选项可以写入包含给定路线的整个文件。

参数：

  • 对齐-返回MultipleSeqAlignment对象的列表或迭代器

通常，每个文件只能调用此方法一次。

应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。它应该返回路线的数量。

clean(text)

使用此选项可避免在输出中出现换行符。

class Bio.AlignIO.Interfaces.SequentialAlignmentWriter(handle)

基类：AlignmentWriter

用于生成MultipleSeqAlignment编写器的基类。

这假设每个对齐方式都可以简单地附加到文件中。您应该编写一个Write_Alignment()方法。您可能希望重新定义 __init__ 方法。

__init__(handle)

初始化类。

write_file(alignments)

使用此选项可以写入包含给定路线的整个文件。

参数：

  • 对齐-返回MultipleSeqAlignment对象的列表或迭代器

通常，每个文件只能调用此方法一次。

write_header()

使用此选项可以写入任何标题。

应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。

使用此选项可以写入任何页脚。

应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。

write_alignment(alignment)

使用此选项可写入单个对齐方式。

应该用任何派生类替换此方法才能做一些有用的事情。