Bio.AlignIO.PhylipIO模块¶
来自Joe Felsenstein的Phylip工具的AlignIO对“Phylip”格式的支持。
您需要通过Bio.AlignIO函数使用此模块(如果您想要直接处理有间隙的序列，则通过Bio.SeqIO函数)。
还提供了对“REAGEN PHYLIP”格式的支持。松弛Phylip与标准Phylip格式在以下方面不同：
序列ID中不允许有空格。
不执行截断。相反，序列ID被填充到最长的ID长度，而不是10个字符。空格将序列标识符与序列分隔。
RAxML和PHYML支持松弛Phylip。
注意事项¶
“树之谜”(Schmidt et al.2003)和PHYML(Guindon And Gascuel 2003)一个点/句点(“.”)序列中的字符被解释为表示与第一序列中相同的字符。从3.3点到3.69点http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html的PHYLIP文档说：
句点以前也是允许的，但现在不允许了，因为它有时在其他程序中有不同的用法
Biopython1.58或更高版本将序列中的点/句点视为无效，无论对于读取还是写入都是如此。较早的版本没有使用点/句点的特殊功能。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipWriter(handle)¶
-
PHYLIP对齐写入器。
- write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)¶
使用此选项将(另一个)单对齐写入打开的文件。
此代码将写入隔行扫描对齐(当序列长度超过50个字符时)。
请注意，记录标识符被严格截断为id_width，缺省为符合PHYLIP标准所需的值。
有关文件格式的更多信息，请参见：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipIterator(handle, seq_count=None)¶
-
读取Phylip对齐文件，返回MultipleSeqAlignment迭代器。
记录标识符限为最多10个字符。
它只处理交错的Phylip文件！在序列拆分到多行的情况下，顺序文件不起作用。
有关文件格式的更多信息，请参见：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles
- id_width = 10¶
- __next__()¶
从句柄解析下一个对齐方式。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipWriter(handle)¶
基类：
PhylipWriter轻松的Phylip格式编写器。
- write_alignment(alignment)¶
写一个放松的PHILPE对齐方式。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipIterator(handle, seq_count=None)¶
-
轻松的Phylip格式迭代器。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipWriter(handle)¶
-
顺序Phylip格式编写器。
- write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)¶
将Phylip对齐写到手柄上。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipIterator(handle, seq_count=None)¶
-
顺序Phylip格式迭代器。
顺序格式具有与正常交织格式相同的限制，不同之处在于序列是按顺序列出的，每个序列在下一个序列开始之前完整写入。根据用于输入文件格式化的PHYLIP文档，可以在序列中的任何点选择性地输入换行符和空格。
- __next__()¶
从句柄解析下一个对齐方式。
- Bio.AlignIO.PhylipIO.sanitize_name(name, width=None)¶
清理输出的序列标识符。
删除禁用字符“[]()”，并将字符“：；”替换为“|”。如果指定，名称将被截断为“width”字符。