Bio.Motifs.transfac模块¶
正在解析TRANSFAC文件。
- class Bio.motifs.transfac.Motif(alphabet='ACGT', instances=None, counts=None)¶
基类:
Motif
,dict
存储一个TRANSFAC主题的信息。
此类继承自Bio.Motifs.Motif基类,也继承自Python字典。如果可能,解析器找到的所有Motif信息都存储为基类的属性;有关这些属性的描述,请参阅Bio.Motifs.Motif基类。与主题相关联的所有其他信息都以(键、值)对的形式存储在字典中,其中键是在TRANSFAC文件中找到的两个字母的字段。引用是一个例外:它们存储在.references属性中。
这些字段通常位于TRANSFAC文件中::
AC: Accession number AS: Accession numbers, secondary BA: Statistical basis BF: Binding factors BS: Factor binding sites underlying the matrix [sequence; SITE accession number; start position for matrix sequence; length of sequence used; number of gaps inserted; strand orientation.] CC: Comments CO: Copyright notice DE: Short factor description DR: External databases [database name: database accession number] DT: Date created/updated HC: Subfamilies HP: Superfamilies ID: Identifier NA: Name of the binding factor OC: Taxonomic classification OS: Species/Taxon OV: Older version PV: Preferred version TY: Type XX: Empty line; these are not stored in the Record.
引用存储在.reference属性中,该属性是具有以下键的字典列表:
RN: Reference number RA: Reference authors RL: Reference data RT: Reference title RX: PubMed ID
有关详细信息,请参阅TRANSFAC文档。
- multiple_value_keys = {'BF', 'BS', 'DR', 'DT', 'HC', 'HP', 'OV'}¶
- reference_keys = {'RA', 'RL', 'RT', 'RX'}¶
- class Bio.motifs.transfac.Record¶
基类:
list
将信息存储在TRANSFAC矩阵表中。
该记录继承自包含各个主题的列表。
- 属性:
版本-版本号,对应于TRANSFAC文件中的‘VV’字段;
- __init__()¶
初始化类。
- __str__()¶
将TRANSFAC矩阵转换为字符串。
- Bio.motifs.transfac.read(handle, strict=True)¶
将Transfac格式句柄解析为记录对象。
- Bio.motifs.transfac.write(motifs)¶
以TRANSFAC格式编写主题的表示形式。