Bio.Motifs.xms模块

解析XMS Motif文件。

class Bio.motifs.xms.XMSScanner(doc)

基类：object

用于扫描XMS XML文件的类。

__init__(doc)

从XMS文档生成Motif记录，这是一个类似XML的Motif PFM文件。

handle_motif(node)

从节点读取Motif的名称和列，并添加Motif记录。

get_property_value(node, key_name)

从节点提取名为key_name的Motif属性的值。

get_acgt(node)

获取并返回主题A、C、G、T的权重。

get_text(nodelist)

返回节点列表中列出的Motif属性的字符串表示形式。

class Bio.motifs.xms.Record(iterable=(), /)

基类：list

类将信息存储在XMS矩阵表中。

该记录继承自包含各个主题的列表。

__str__()

返回str(Self)。

Bio.motifs.xms.read(handle)

从文件句柄读取XMS矩阵格式的图案。

XMS是一种用于描述调控基序和PSSM的XML格式。此格式由Thomas Down定义，并在NestedMICA和MotifExplorer程序中使用。