Bio.Motifs.Thresholds模块

模体发现合适阈值的近似计算。

class Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution(motif=None, precision=10**3, pssm=None, background=None)

基类:object

表示给定主题的近似分数分布的类。

利用动态规划方法以预定义的精度计算分数分布。提供了多种计算主题出现的阈值的方法。

__init__(motif=None, precision=10**3, pssm=None, background=None)

初始化类。

modify(scores, mo_probs, bg_probs)

修改图案和背景密度。

threshold_fpr(fpr)

近似使第I类错误的对数赔率阈值(假阳性率)。

threshold_fnr(fnr)

近似造成第二类错误的对数赔率阈值(假阴性率)。

threshold_balanced(rate_proportion=1.0, return_rate=False)

使FNR等于fPR乘以rate_proportion的近似对数赔率阈值。

threshold_patser()

阈值选择模仿Patser(Hertz,Stormo 1999)软件的行为。

它选择的阈值是log(Fpr)=-ic(M)注意:实际的补丁程序软件使用自然对数而不是log_2,因此这些数字不能直接进行比较。