Bio.Motifs.Thresholds模块¶
模体发现合适阈值的近似计算。
- class Bio.motifs.thresholds.ScoreDistribution(motif=None, precision=10**3, pssm=None, background=None)¶
基类:
object
表示给定主题的近似分数分布的类。
利用动态规划方法以预定义的精度计算分数分布。提供了多种计算主题出现的阈值的方法。
- __init__(motif=None, precision=10**3, pssm=None, background=None)¶
初始化类。
- modify(scores, mo_probs, bg_probs)¶
修改图案和背景密度。
- threshold_fpr(fpr)¶
近似使第I类错误的对数赔率阈值(假阳性率)。
- threshold_fnr(fnr)¶
近似造成第二类错误的对数赔率阈值(假阴性率)。
- threshold_balanced(rate_proportion=1.0, return_rate=False)¶
使FNR等于fPR乘以rate_proportion的近似对数赔率阈值。
- threshold_patser()¶
阈值选择模仿Patser(Hertz,Stormo 1999)软件的行为。
它选择的阈值是log(Fpr)=-ic(M)注意:实际的补丁程序软件使用自然对数而不是log_2,因此这些数字不能直接进行比较。