Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab模块¶
用于HMMER域表输出格式的Bio.SearchIO解析器。
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitParser(handle)¶
基类:
Hmmer3DomtabParser
使用命中坐标的HMMER域表解析器。
假定HMM简档坐标为命中坐标的HMMER域表格式的解析器。
- hmm_as_hit = True¶
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryParser(handle)¶
基类:
Hmmer3DomtabParser
使用查询坐标的HMMER域表解析器。
假定HMM简档坐标为查询坐标的HMMER域表格式的解析器。
- hmm_as_hit = False¶
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitIndexer(filename, **kwargs)¶
-
使用命中坐标的HMMER域表索引器。
假定HMM配置文件坐标为命中坐标的HMMER域表输出的索引器类。
- __abstractmethods__ = frozenset({})¶
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryIndexer(filename, **kwargs)¶
-
使用查询坐标的HMMER域表索引器。
假定HMM配置文件坐标为查询坐标的HMMER域表输出的索引器类。
- __abstractmethods__ = frozenset({})¶
- class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter(handle)¶
基类:
object
使用命中坐标的HMMER域表编写器。
hmmer3的编写器-domtab输出格式,将命中坐标写为HMM配置文件坐标。
- hmm_as_hit = True¶
- __init__(handle)¶
初始化类。
- write_file(qresults)¶
写到手柄上。
返回写入了多少QueryResult、Hit和HSP对象的元组。