Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab模块

用于HMMER域表输出格式的Bio.SearchIO解析器。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitParser(handle)

基类:Hmmer3DomtabParser

使用命中坐标的HMMER域表解析器。

假定HMM简档坐标为命中坐标的HMMER域表格式的解析器。

hmm_as_hit = True
class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryParser(handle)

基类:Hmmer3DomtabParser

使用查询坐标的HMMER域表解析器。

假定HMM简档坐标为查询坐标的HMMER域表格式的解析器。

hmm_as_hit = False
class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitIndexer(filename, **kwargs)

基类:Hmmer3TabIndexer

使用命中坐标的HMMER域表索引器。

假定HMM配置文件坐标为命中坐标的HMMER域表输出的索引器类。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryIndexer(filename, **kwargs)

基类:Hmmer3TabIndexer

使用查询坐标的HMMER域表索引器。

假定HMM配置文件坐标为查询坐标的HMMER域表输出的索引器类。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmhitWriter(handle)

基类:object

使用命中坐标的HMMER域表编写器。

hmmer3的编写器-domtab输出格式,将命中坐标写为HMM配置文件坐标。

hmm_as_hit = True
__init__(handle)

初始化类。

write_file(qresults)

写到手柄上。

返回写入了多少QueryResult、Hit和HSP对象的元组。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_domtab.Hmmer3DomtabHmmqueryWriter(handle)

基类:Hmmer3DomtabHmmhitWriter

使用查询坐标的HMMER域表编写器。

hmmer3的编写器-domtab输出格式,将查询坐标写为HMM配置文件坐标。

hmm_as_hit = False