Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_Text模块

用于HMMER 2文本输出的Bio.SearchIO解析器。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser(handle)

基类：object

HMMER 2.0文本输出的迭代器。

__init__(handle)

初始化类。

__iter__()

迭代Hmmer2TextParser，生成查询结果。

read_next(rstrip=True)

返回删除了尾随空格的下一个非空行。

push_back(line)

取消读取尚未解析的行。

parse_key_value()

解析用冒号分隔的键-值对。

parse_preamble()

解析HMMER2前导。

parse_qresult()

解析挡路的HMMER2查询。

parse_hits()

解析HMMER2Hit挡路，从Hit表开始。

parse_hsps(hit_placeholders)

从HSP表开始解析HMMER2HSP挡路。

parse_hsp_alignments()

解析HMMER2HSP对齐挡路。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextIndexer(*args, **kwargs)

基类：_BaseHmmerTextIndexer

hmmer2的索引器-文本格式。

qresult_start = b'Query'

qresult_end = b'//'

__iter__()

迭代Hmmer2TextIndexer；生成查询结果的键，偏移量，0。

__abstractmethods__ = frozenset({})