Bio.Phylo.PAML.yn00模块

用于支持yn00的类。

Yang和Nielsen 2000，在蛋白质编码DNA序列的成对比较中估计同义和非同义替换率。

exception Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00Error

基类：OSError

yn00失败。使用Verbose=True运行以查看yn00的错误消息。

class Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

基类：Paml

到yn00的接口，它是PAML包的一部分。

__init__(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化Yn00实例。

用户可以选择性地传入指定输入对齐、工作目录和最终输出文件位置的字符串。

write_ctl_file()

从选项动态构建一个yn00控制文件。

控制文件将写入由yn00类的ctl_file属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到yn00实例中。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='yn00', parse=True)

使用当前配置运行yn00。

如果parse为True，则读取并返回结果，否则返回None。

Bio.Phylo.PAML.yn00.read(results_file)

解析yn00结果文件。