Bio.Phylo.BaseTree模块¶

Bio.Phylo对象的基类。

系统发育树的所有对象表示都应该从这些基类派生，以便使用在它们上定义的公共方法。

class Bio.Phylo.BaseTree.TreeElement¶

基类：object

所有Bio.Phylo类的基类。

__repr__()¶: 显示此对象的构造函数及其原始参数。

__str__()¶: 显示此对象的构造函数及其原始参数。

class Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin¶

基类：object

基于树和基于Clade的类的方法。

这让我们 Tree 和 Clade 支持相同的遍历和搜索操作，而不需要Clade继承Tree，因此Clade不需要拥有Tree的所有属性--只需 root (Clade实例)和 is_terminal 。

find_any(*args, **kwargs)¶

返回find_element()找到的第一个元素，或NONE。

这对于检查树中是否存在任何匹配元素也很有用，并且可以在条件表达式中使用。

find_elements(target=None, terminal=None, order='preorder', **kwargs)¶

查找与给定属性匹配的所有树元素。

任意关键字参数指示子元素的属性名称和要匹配的值：字符串、整数或布尔值。字符串作为正则表达式匹配进行评估；整数直接比较是否相等，布尔值在比较之前评估属性的真值(True或False)。要处理非零浮点数，请使用布尔参数进行搜索，然后手动过滤结果。

如果没有给出关键字参数，则只使用类类型进行匹配。

通过深度优先搜索，结果是可迭代遍历所有匹配对象。(不必与元素在源文件中出现的顺序相同！)

参数:

目标TreeElement实例、类型、Dict或Callable: 指定要搜索的特征。(默认的TreeElement与任何标准Bio.Phylo类型匹配。)
终端布尔尔: 为终端节点选择或针对终端节点选择的布尔值(也称为叶节点)。TRUE仅搜索终端节点，FALSE排除终端节点，默认值NONE同时搜索终端节点和非终端节点，以及缺少 is_terminal 方法。
订单{‘预购’，‘邮购’，‘级别’}: 树遍历顺序：‘preorder’(默认值)是深度优先搜索，‘postorder’是子节点在父节点之前的DFS，‘level’是广度优先搜索。

示例

>>> from Bio import Phylo
>>> phx = Phylo.PhyloXMLIO.read('PhyloXML/phyloxml_examples.xml')
>>> matches = phx.phylogenies[5].find_elements(code='OCTVU')
>>> next(matches)
Taxonomy(code='OCTVU', scientific_name='Octopus vulgaris')

find_clades(target=None, terminal=None, order='preorder', **kwargs)¶

找到包含匹配元素的每个分支。

也就是说，像find_element()一样查找每个元素，但返回相应的clade对象。(这通常是您想要的。)

返回:: 迭代遍历所有匹配的对象，默认情况下搜索深度优先(预排序)。

get_path(target=None, **kwargs)¶

直接列出此根目录和给定目标之间的分支。

返回:: 沿此路径的所有分支对象的列表，以给定目标结束，但不包括根分支。

get_nonterminals(order='preorder')¶: 获取此树的所有非终端(内部)节点的列表。

get_terminals(order='preorder')¶: 获取此树的所有终端(叶)节点的列表。

trace(start, finish)¶

此树中两个目标之间的所有分支对象的列表。

不包括 start ，包括 finish 。

common_ancestor(targets, *more_targets)¶

所有给定目标的最近共同祖先(分支)。

边缘情况：

如果未指定目标，则返回self.root
如果给定1个目标，则返回目标
如果在此树中找不到任何目标，则引发ValueError

count_terminals()¶: 统计此树中的终端(叶)节点数。

depths(unit_branch_lengths=False)¶

创建树枝到深度的映射(按树枝长度)。

参数:

unit_branch_lengths布尔尔: 如果为True，则仅计算分支数(树中的级别)。默认情况下，距离是通向树枝的累积分支长度。

返回:

dict为{clade：Depth}，其中关键帧是树中的所有Clade实例，值是从根到每个分支(包括终端)的距离。

distance(target1, target2=None)¶

计算两个目标之间的分支长度之和。

如果只指定了一个目标，则另一个是此树的根。

is_bifurcating()¶

如果节点下游的树是严格分叉的，则返回True。

即，所有节点都有2个或0个子节点(分别为内部或外部)。根可能有3个后代，但仍然被认为是分叉树的一部分，因为它没有祖先。

is_monophyletic(terminals, *more_terminals)¶

如果终端由一个完整的子类组成，则为MRCA，否则为FALSE。

即，存在一个分支，使得其终端与给定目标的集合相同。

给定的目标必须是树的终端。

要使两者都匹配，请执行以下操作 Bio.Nexus.Trees 以及Bio.Phylo中的其他多目标方法，此方法的参数可以通过两种方式之一指定：(I)作为单个目标列表，或(Ii)单独指定的目标，例如IS_Monphyletic(T1，T2，T3)--但不能同时指定两者。

为方便起见，如果目标是单系的(而不是值True)，则此方法返回目标的公共祖先(MCRA)，否则返回False。

返回:: 如果顶生为单系，则为共同祖先，否则为假。

is_parent_of(target=None, **kwargs)¶

检查目标是否为此树的后代。

不需要是直系后裔。

要仅检查某个分支的直系后代，只需使用列表成员资格测试即可： if subclade in clade: ...

is_preterminal()¶: 检查是否所有直系后代都是终端。

total_branch_length()¶: 计算这棵树中所有分支长度的总和。

collapse(target=None, **kwargs)¶

从树中删除目标，将其子级重新链接到父级。

返回:: 父级分支。

collapse_all(target=None, **kwargs)¶

折叠此树的所有后代，只留下终端。

总的分支长度被保留，即到每个终端的距离保持不变。

例如，这将安全地折叠引导支持较差的节点：

>>> from Bio import Phylo
>>> tree = Phylo.read('PhyloXML/apaf.xml', 'phyloxml')
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 20.44
>>> tree.collapse_all(lambda c: c.confidence is not None and c.confidence < 70)
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 21.37

通过使用级别顺序遍历并预先测试所有分支属性(相对于目标规范)，此实现避免了奇怪的副作用。具体地说，如果分支满足原始树中的目标规范，它将被折叠。例如，如果条件是：

>>> from Bio import Phylo
>>> tree = Phylo.read('PhyloXML/apaf.xml', 'phyloxml')
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 20.44
>>> tree.collapse_all(lambda c: c.branch_length < 0.1)
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 21.13

塌陷分支的父节点会将父节点的分支长度添加到子节点，因此在执行CLASSY_ALL期间，分支的BRANCH_LENGTH可能会增加。在此实现中，分支根据其在原始树中的属性折叠，而不是根据树遍历到达分支时的属性折叠。(它更容易调试。)如果您想要另一种行为(增量测试)，修改此函数的源代码非常简单。

ladderize(reverse=False)¶

根据终端节点的数量就地排序分支。

默认情况下，最深的分支是最后一个。使用 reverse=True 将分支从深到浅进行排序。

prune(target=None, **kwargs)¶

从树上修剪末端分支。

如果分类单元来自一个分叉，则连接节点将被折叠，其分支长度将增加到剩余的末端节点。这可能不再是一个有意义的值。

返回:: 已修剪目标的父分支

split(n=2, branch_length=1.0)¶

生成n个(默认值为2)新子体。

在物种树中，这是一个物种形成事件。

新的分支具有给定的BRANCH_LENGTH，并且与该分支的根具有相同的名称加上一个整数后缀(从0开始计数)。例如，拆分名为“A”的分支将生成名为“A0”和“A1”的子分支。如果分支没有名称，则前缀“n”用于子节点，例如“n0”和“n1”。

class Bio.Phylo.BaseTree.Tree(root=None, rooted=True, id=None, name=None)¶

基类：TreeElement, TreeMixin

包含系统发育全局信息的系统发育树。

结构和特定于节点的数据可通过附加到树实例的“根”分支访问。

参数:

根部分支: 树的起始节点。如果树是根的，则这通常是根节点。
扎根布尔尔: 无论树是否扎根。默认情况下，假定树是有根的。
ID号应力: 树的标识符(如果有)。
名字应力: 树的名称，本质上是一个标签。

__init__(root=None, rooted=True, id=None, name=None)¶: 初始化系统发育树的参数。

classmethod from_clade(clade, **kwargs)¶

给出一个树枝，创建一个新的Tree对象。

关键字参数是常见的 Tree 构造函数参数。

classmethod randomized(taxa, branch_length=1.0, branch_stdev=None)¶

在给定分类群列表的情况下，创建一棵随机分叉树。

参数:: taxa -- 指定要创建的分类单元数量的整数(自动命名为Taxon#)或可迭代的分类单元名称，作为字符串。
返回:: 与此类类型相同的树。

property clade¶: 返回此树中的第一个分支(而不是其本身)。

as_phyloxml(**kwargs)¶

将此树转换为与PhyloXML兼容的系统发育树。

这允许您使用PhyloXML定义的附加注释类型，并在编写此树时将此信息保存为“phyloxml”。

root_with_outgroup(outgroup_targets, *more_targets, outgroup_branch_length=None)¶

使用包含OUTGROUP_TARGET的OUTGROUP分支重新启动此树。

就地操作。

边缘情况：

如果 outgroup == self.root ，不变
如果OUTGROUP是终端，则创建到OUTGROUP的具有0长度分支的新分支根节点
如果outgroup是内部的，则使用给定的outgroup节点作为新的三叉根，保持分支不变
如果原始根是分叉的，则将其从树中删除，并保留总的分支长度

参数:: outgroup_branch_length -- 重排后通向外组的分支的长度。如果未指定(无)，则：-如果外群是内部节点(不是单个末端分类单元)，则使用该节点作为新的根。-否则，创建一个新的根节点作为outgroup的父节点。

root_at_midpoint()¶

这棵树在最远的两个分类群的中点生根。

这在原地运行，留下了一个分叉的根。树的拓扑在其他方面被保留，尽管不能保证分支/节点/分类单元排序的稳定性。

is_terminal()¶: 检查此树的根是否为终端。

__format__(format_spec)¶

将树序列化为指定文件格式的字符串。

此方法支持Python的 format 内置功能。

参数:: format_spec -- 支持的小写字符串 Bio.Phylo.write 作为输出文件格式。

format(fmt=None, format=None)¶

将树序列化为指定文件格式的字符串。

参数:: fmt -- 支持的小写字符串 Bio.Phylo.write 作为输出文件格式。

__str__()¶

返回整个树的字符串表示形式。

使用以下命令递归序列化每个子分支 repr 若要创建对象结构的摘要，请执行以下操作。

class Bio.Phylo.BaseTree.Clade(branch_length=None, name=None, clades=None, confidence=None, color=None, width=None)¶

基类：TreeElement, TreeMixin

递归定义的子树。

参数:

branch_length应力: 通向此分支的根节点的分支的长度。
名字应力: 分支的名称(标签)。
分支列表: 直接在这棵树的根下扎根的子树。
信心数: 支持。
颜色BranchColor: 分支和子分支的显示颜色。
宽度数: 分支和派生项的显示宽度。

__init__(branch_length=None, name=None, clades=None, confidence=None, color=None, width=None)¶: 定义分支树的参数。

property root¶: 允许TreeMixin方法正确遍历分支。

is_terminal()¶: 检查这是否是终端(叶)节点。

__getitem__(index)¶: 按索引(整数或切片)获取分支。

__iter__()¶: 遍历此树的直接后代分支(子树)。

__len__()¶: 直接返回根下的分支数量。

__bool__()¶

此类实例的布尔值(True)。

注：如果未定义此方法，但 __len__ 的结果为真，则该对象被认为是真的。 __len__() 不是零。我们希望Clade实例始终被视为True。

__str__()¶: 返回类实例的名称。

property color¶: 分支颜色。

class Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor(red, green, blue)¶

基类：object

指示以图形方式渲染时分支的颜色。

客户端代码(例如，可视化程序)应将该颜色解释为应用于整个分支，除非被子分支的颜色覆盖。

颜色值必须是0到255之间的整数。

color_names = {'aqua': (0, 255, 255), 'b': (0, 0, 255), 'black': (0, 0, 0), 'blue': (0, 0, 255), 'brown': (165, 42, 42), 'c': (0, 255, 255), 'cyan': (0, 255, 255), 'fuchsia': (255, 0, 255), 'g': (0, 128, 0), 'gold': (255, 215, 0), 'gray': (128, 128, 128), 'green': (0, 128, 0), 'grey': (128, 128, 128), 'k': (0, 0, 0), 'lime': (0, 255, 0), 'm': (255, 0, 255), 'magenta': (255, 0, 255), 'maroon': (128, 0, 0), 'navy': (0, 0, 128), 'olive': (128, 128, 0), 'orange': (255, 165, 0), 'pink': (255, 192, 203), 'purple': (128, 0, 128), 'r': (255, 0, 0), 'red': (255, 0, 0), 'salmon': (250, 128, 114), 'silver': (192, 192, 192), 'tan': (210, 180, 140), 'teal': (0, 128, 128), 'w': (255, 255, 255), 'white': (255, 255, 255), 'y': (255, 255, 0), 'yellow': (255, 255, 0)}¶

__init__(red, green, blue)¶: 初始化树的BranchColor。

classmethod from_hex(hexstr)¶

从十六进制字符串构造BranchColor对象。

字符串格式与HTML和CSS中使用的样式相同，例如‘#FF8000’表示RGB值(255,128，0)。

classmethod from_name(colorname)¶: 根据颜色的名称构造一个BranchColor对象。

to_hex()¶

返回此颜色的24位十六进制RGB表示形式。

返回的字符串适合在HTML/CSS中使用，在matplotlib中作为颜色参数使用，也可能在其他情况下使用。

示例

>>> bc = BranchColor(12, 200, 100)
>>> bc.to_hex()
'#0cc864'

to_rgb()¶

返回表示此颜色的RGB值元组(0到255)。

示例

>>> bc = BranchColor(255, 165, 0)
>>> bc.to_rgb()
(255, 165, 0)

__repr__()¶: 表示此对象时保留标准RGB顺序。

__str__()¶: 显示颜色的RGB值。