Bio.Phylo.PAML.codeml模块

用于支持CODEML的类。

使用密码子替换模型的最大似然分析。

exception Bio.Phylo.PAML.codeml.CodemlError

基类：OSError

CODEML失败。使用Verbose=True运行以查看CODEML的错误消息。

class Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

基类：Paml

到CODEML的接口，它是PAML包的一部分。

__init__(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化codeml实例。

用户可以选择性地传入指定输入对齐和树文件、工作目录和最终输出文件的位置的字符串。CODEML控件中的其他选项在默认情况下具有典型设置，即在核苷酸比对上运行位点类模型0、1和2。

write_ctl_file()

从选项动态构建CODEML控制文件。

控制文件将写入由codeml类的ctl_file属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到Codeml实例中。

print_options()

打印出所有选项及其当前设置。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='codeml', parse=True)

使用当前配置运行codeml。

如果parse为True，则读取并返回结果，否则返回None。

参数可以作为绝对路径或相对路径传递，尽管CODEML需要相对路径。

Bio.Phylo.PAML.codeml.read(results_file)

解析CODEML结果文件。