Bio.Phylo.NewickIO模块¶
Newick文件格式的I/O函数包装器。
请参阅:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html
- exception Bio.Phylo.NewickIO.NewickError¶
基类:
Exception
当Newick对象构造无法继续时引发异常。
- Bio.Phylo.NewickIO.parse(handle, **kwargs)¶
迭代Newick文件句柄中的树。
- 返回:
Bio.Phylo.Newick.Tree对象的生成器。
- Bio.Phylo.NewickIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)¶
将Newick格式的树写入给定的文件句柄。
- 返回:
写入的树数。
- class Bio.Phylo.NewickIO.Parser(handle)¶
基类:
object
解析给定文件句柄的Newick树。
中的解析器
Bio.Nexus.Trees
。- __init__(handle)¶
初始化Newick树的文件句柄。
- classmethod from_string(treetext)¶
从给定字符串实例化Newick Tree类。
- parse(values_are_confidence=False, comments_are_confidence=False, rooted=False)¶
解析初始化此对象时使用的文本流。
- new_clade(parent=None)¶
返回new Newick.Clade,可以选择临时引用父级。
- process_clade(clade)¶
移除节点的父节点并将其返回。解析的分支的最终处理。
- class Bio.Phylo.NewickIO.Writer(trees)¶
基类:
object
基于Bio.Nexus.Trees(str,to_string)中的编写器。
- __init__(trees)¶
初始化树编写器对象的参数。
- write(handle, **kwargs)¶
将此实例的树写入文件句柄。
- to_strings(confidence_as_branch_length=False, branch_length_only=False, plain=False, plain_newick=True, ladderize=None, max_confidence=1.0, format_confidence='%1.2f', format_branch_length='%1.5f')¶
返回PAUP兼容树行的可迭代。