Bio.Phylo.NewickIO模块

Newick文件格式的I/O函数包装器。

请参阅：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newick_doc.html

exception Bio.Phylo.NewickIO.NewickError

基类：Exception

当Newick对象构造无法继续时引发异常。

Bio.Phylo.NewickIO.parse(handle, **kwargs)

迭代Newick文件句柄中的树。

返回:

Bio.Phylo.Newick.Tree对象的生成器。

Bio.Phylo.NewickIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

将Newick格式的树写入给定的文件句柄。

返回:

写入的树数。

class Bio.Phylo.NewickIO.Parser(handle)

基类：object

解析给定文件句柄的Newick树。

中的解析器 Bio.Nexus.Trees 。

__init__(handle)

初始化Newick树的文件句柄。

classmethod from_string(treetext)

从给定字符串实例化Newick Tree类。

parse(values_are_confidence=False, comments_are_confidence=False, rooted=False)

解析初始化此对象时使用的文本流。

new_clade(parent=None)

返回new Newick.Clade，可以选择临时引用父级。

process_clade(clade)

移除节点的父节点并将其返回。解析的分支的最终处理。

class Bio.Phylo.NewickIO.Writer(trees)

基类：object

基于Bio.Nexus.Trees(str，to_string)中的编写器。

__init__(trees)

初始化树编写器对象的参数。

write(handle, **kwargs)

将此实例的树写入文件句柄。

to_strings(confidence_as_branch_length=False, branch_length_only=False, plain=False, plain_newick=True, ladderize=None, max_confidence=1.0, format_confidence='%1.2f', format_branch_length='%1.5f')

返回PAUP兼容树行的可迭代。