Bio.KEGG.Enzyme包

模块内容

使用KEGG酶数据库的代码。

功能：

• parse-返回给出记录对象的迭代器。

班级：

• 记录-保存来自KEGG酶记录的信息。

class Bio.KEGG.Enzyme.Record

基类：object

保存来自KEGG酶记录的信息。

属性：

• 输入EC编号(不带‘EC’)。

• 名称：酶的名称列表。

• 类名分类术语的列表。

• sysname酶的系统名称。

• 反应反应描述字符串的列表。

• 衬底：衬底的列表。

• 产品列表。

• 抑制剂抑制剂列表。

• 辅因子：辅因子的列表。

• 效应器效应器列表。

• 注释注释字符串的列表。

• 路径3元组列表：(database，id，path)

• 基因二元组列表：(有机体，基因ID列表)

• 疾病3元组列表：(database，id，disease)

• Structures二元组列表：(数据库，结构ID列表)

• dblinks 2元组列表：(数据库，数据库ID列表)

__init__()

初始化新记录。

__str__()

返回此记录的字符串表示形式。

Bio.KEGG.Enzyme.parse(handle)

解析KEGG酶文件，返回记录对象。

这是一个迭代器函数，通常在for循环中使用。例如，使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件，

>>> with open("KEGG/enzyme.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
1.1.1.1 alcohol dehydrogenase
1.1.1.62 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
1.1.1.68 Transferred to 1.5.1.20
1.6.5.3 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
1.14.13.28 3,9-dihydroxypterocarpan 6a-monooxygenase
2.4.1.68 glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase
3.1.1.6 acetylesterase
2.7.2.1 acetate kinase

Bio.KEGG.Enzyme.read(handle)

使用恰好一个条目解析KEGG酶文件。

如果句柄不包含任何记录，或包含多条记录，则会引发异常。例如：

>>> with open("KEGG/enzyme.new") as handle:
...     record = read(handle)
...     print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
6.2.1.25 benzoate---CoA ligase