Bio.KEGG.Enzyme包¶
模块内容¶
使用KEGG酶数据库的代码。
- 功能:
parse-返回给出记录对象的迭代器。
- 班级:
记录-保存来自KEGG酶记录的信息。
- class Bio.KEGG.Enzyme.Record¶
基类:
object
保存来自KEGG酶记录的信息。
- 属性:
输入EC编号(不带‘EC’)。
名称:酶的名称列表。
类名分类术语的列表。
sysname酶的系统名称。
反应反应描述字符串的列表。
衬底:衬底的列表。
产品列表。
抑制剂抑制剂列表。
辅因子:辅因子的列表。
效应器效应器列表。
注释注释字符串的列表。
路径3元组列表:(database,id,path)
基因二元组列表:(有机体,基因ID列表)
疾病3元组列表:(database,id,disease)
Structures二元组列表:(数据库,结构ID列表)
dblinks 2元组列表:(数据库,数据库ID列表)
- __init__()¶
初始化新记录。
- __str__()¶
返回此记录的字符串表示形式。
- Bio.KEGG.Enzyme.parse(handle)¶
解析KEGG酶文件,返回记录对象。
这是一个迭代器函数,通常在for循环中使用。例如,使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件,
>>> with open("KEGG/enzyme.sample") as handle: ... for record in parse(handle): ... print("%s %s" % (record.entry, record.name[0])) ... 1.1.1.1 alcohol dehydrogenase 1.1.1.62 17beta-estradiol 17-dehydrogenase 1.1.1.68 Transferred to 1.5.1.20 1.6.5.3 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) 1.14.13.28 3,9-dihydroxypterocarpan 6a-monooxygenase 2.4.1.68 glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase 3.1.1.6 acetylesterase 2.7.2.1 acetate kinase
- Bio.KEGG.Enzyme.read(handle)¶
使用恰好一个条目解析KEGG酶文件。
如果句柄不包含任何记录,或包含多条记录,则会引发异常。例如:
>>> with open("KEGG/enzyme.new") as handle: ... record = read(handle) ... print("%s %s" % (record.entry, record.name[0])) ... 6.2.1.25 benzoate---CoA ligase