Bio.KEGG基因包¶
模块内容¶
使用KEGG基因数据库的代码。
函数:-parse-返回给出记录对象的迭代器。
类别:-记录-KEGG基因的表示。
- class Bio.KEGG.Gene.Record¶
基类:
object
保存来自KEGG基因记录的信息。
- 属性:
输入条目标识符。
名称基因名称的列表。
定义基因的定义。
正字词二元组列表:(正字法id,角色)
有机体A元组:(有机体ID,有机体)
定位基因的位置
Motif 2元组列表:(数据库,链接ID列表)
dblinks二元组列表:(数据库,链接ID列表)
- __init__()¶
初始化新记录。
- __str__()¶
返回此记录的字符串表示形式。
- Bio.KEGG.Gene.parse(handle)¶
解析KEGG基因文件,返回记录对象。
这是一个迭代器函数,通常在for循环中使用。例如,使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件,
>>> with open("KEGG/gene.sample") as handle: ... for record in parse(handle): ... print("%s %s" % (record.entry, record.name[0])) ... b1174 minE b1175 minD