Bio.KEGG基因包

模块内容

使用KEGG基因数据库的代码。

函数:-parse-返回给出记录对象的迭代器。

类别:-记录-KEGG基因的表示。

class Bio.KEGG.Gene.Record

基类:object

保存来自KEGG基因记录的信息。

属性:
  • 输入条目标识符。

  • 名称基因名称的列表。

  • 定义基因的定义。

  • 正字词二元组列表:(正字法id,角色)

  • 有机体A元组:(有机体ID,有机体)

  • 定位基因的位置

  • Motif 2元组列表:(数据库,链接ID列表)

  • dblinks二元组列表:(数据库,链接ID列表)

__init__()

初始化新记录。

__str__()

返回此记录的字符串表示形式。

Bio.KEGG.Gene.parse(handle)

解析KEGG基因文件,返回记录对象。

这是一个迭代器函数,通常在for循环中使用。例如,使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件,

>>> with open("KEGG/gene.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
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