Bio.KEGG复合包装

模块内容

使用KEGG配体/化合物数据库的代码。

功能：

• parse-返回给出记录对象的迭代器。

班级：

• 记录-KEGG配体/化合物的表示。

class Bio.KEGG.Compound.Record

基类：object

保存来自KEGG配体/复合记录的信息。

属性：

• 输入条目标识符。

• 名字：一份名单，上面列出了公司的名字。

• 配方该化合物的化学式

• 该化合物的分子量

• 路径3元组列表：(‘path’，路径id，路径)

• 酶：EC编号的列表。

• Structures二元组列表：(数据库，结构ID列表)

• dblinks二元组列表：(数据库，链接ID列表)

__init__()

初始化为新记录。

__str__()

返回此记录的字符串表示形式。

Bio.KEGG.Compound.parse(handle)

解析KEGG连接/复合文件，返回记录对象。

这是一个迭代器函数，通常在for循环中使用。例如，使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件，

>>> with open("KEGG/compound.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
C00023 Iron
C00017 Protein
C00099 beta-Alanine
C00294 Inosine
C00298 Trypsin
C00348 all-trans-Undecaprenyl phosphate
C00349 2-Methyl-3-oxopropanoate
C01386 NH2Mec