Bio.henotype.pm_装配模块

表型数据的生长曲线拟合及参数提取。

该模块提供执行与表型微阵列数据相适应的Sigmoid函数的功能。该模块依赖于Scipy curve_fit函数。如果不可用,则会发出警告。

功能:物流、物流、增长模型。Gompertz增长模型。理查兹·理查兹增长模型。猜测平台点可提高乙状结肠拟合度。GUESTER_LAG猜测滞后点以改进S形拟合度。拟合Sigmoid函数拟合。Get_Area计算PM曲线下的面积。

Bio.phenotype.pm_fitting.logistic(x, A, u, d, v, y0)

Logistic增长模型。

由Zwietering等人于1990年提出(PMID:16348228)

Bio.phenotype.pm_fitting.gompertz(x, A, u, d, v, y0)

Gompertz增长模型。

由Zwietering等人于1990年提出(PMID:16348228)

Bio.phenotype.pm_fitting.richards(x, A, u, d, v, y0)

理查兹增长模型(等同于斯坦纳德)。

由Zwietering等人于1990年提出(PMID:16348228)

Bio.phenotype.pm_fitting.guess_lag(x, y)

给定的两个轴返回对滞后点的猜测。

滞后点被定义为x点,其中y与下一个点的差大于两点之间的平均差加上一个标准差。如果找不到这样的点,或者x和y的长度不同,则函数返回零。

Bio.phenotype.pm_fitting.guess_plateau(x, y)

给定的两个轴返回平台点的猜测。

平台点被定义为x点,其中y点接近y点与最大y值之间的差值的一个标准差。如果找不到这样的点,或者x和y的长度不同,则函数返回零。

Bio.phenotype.pm_fitting.fit(function, x, y)

将提供的函数与x和y值相匹配。

函数参数和参数协方差。

Bio.phenotype.pm_fitting.get_area(y, x)

求出曲线下方的面积。