Bio.File模块

更花哨的文件句柄的代码。

Bio.File定义Bio.SeqIO和Bio.SearchIO中用于索引文件的私有类。这些不打算直接使用。

Bio.File.as_handle(handleish, mode='r', **kwargs)

上下文管理器，以确保我们使用的是句柄。

可传递给SeqIO和AlignIO读取、写入和解析方法的参数的上下文管理器：文件对象或类似路径的对象(字符串、pathlib.Path实例，或者更一般地，可以由内置的“open”函数处理的任何内容)。

当给定一个类似路径的对象时，返回该路径的打开文件句柄，并提供模式，该句柄将在管理器退出时关闭。

所有其他输入都将返回，并且 not 关着的不营业的。

参数：

• Handleish-文件句柄或类似路径的对象(可以是

  传递给内置的“open”函数，如str、bytes、pathlib.Path和os.DirEntry对象)

• Mode-打开Handleish的模式(仅当Handleish为字符串时使用)

• kwargs-要传递给open的更多参数(.)

示例

>>> from Bio import File
>>> import os
>>> with File.as_handle('seqs.fasta', 'w') as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
True

>>> handle = open('seqs.fasta', 'w')
>>> with File.as_handle(handle) as fp:
...     fp.write('>test\nACGT')
...
10
>>> fp.closed
False
>>> fp.close()
>>> os.remove("seqs.fasta")  # tidy up