Bio.Motifs.Minimal模块¶
支持模因最小模体格式的模块。
- Bio.motifs.minimal.read(handle)¶
将meme程序的文本输出解析为meme.Record对象。
示例
>>> from Bio.motifs import minimal >>> with open("motifs/meme.out") as f: ... record = minimal.read(f) ... >>> for motif in record: ... print(motif.name, motif.evalue) ... 1 1.1e-22
您可以按索引访问记录中的各个主题,或按名称查找主题:
>>> from Bio import motifs >>> with open("motifs/minimal_test.meme") as f: ... record = motifs.parse(f, 'minimal') ... >>> motif = record[0] >>> print(motif.name) KRP >>> motif = record['IFXA'] >>> print(motif.name) IFXA
此函数不会检索实例,因为没有最小模因格式的实例。