Bio.Motifs.Meme模块¶

Meme Motif格式支持模块。

Bio.motifs.meme.read(handle)¶

将meme程序的文本输出解析为meme.Record对象。

示例

>>> from Bio.motifs import meme
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = meme.read(f)
>>> for motif in record:
...     for instance in motif.instances:
...         print(instance.motif_name, instance.sequence_name, instance.sequence_id, instance.strand, instance.pvalue)
GSKGCATGTGAAA INO1 sequence_5 + 1.21e-08
GSKGCATGTGAAA FAS1 sequence_2 - 1.87e-08
GSKGCATGTGAAA ACC1 sequence_4 - 6.62e-08
GSKGCATGTGAAA CHO2 sequence_1 - 1.05e-07
GSKGCATGTGAAA CHO1 sequence_0 - 1.69e-07
GSKGCATGTGAAA FAS2 sequence_3 - 5.62e-07
GSKGCATGTGAAA OPI3 sequence_6 + 1.08e-06
TTGACWCYTGCYCWG CHO2 sequence_1 + 7.2e-10
TTGACWCYTGCYCWG OPI3 sequence_6 - 2.56e-08
TTGACWCYTGCYCWG ACC1 sequence_4 - 1.59e-07
TTGACWCYTGCYCWG CHO1 sequence_0 + 2.05e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS1 sequence_2 + 3.85e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS2 sequence_3 - 5.11e-07
TTGACWCYTGCYCWG INO1 sequence_5 + 8.01e-07

class Bio.motifs.meme.Motif(alphabet=None, instances=None)¶

基类：Motif

Motif的一个子类，用于分析Meme(和Mast)输出。

这个子类定义了特定于模因主题的函数和数据。这包括主题名称、主题的eValue及其出现的次数。

__init__(alphabet=None, instances=None)¶: 初始化类。

class Bio.motifs.meme.Instance(*args, **kwds)¶

基类：Seq

描述模因主题的实例及其数据的类。

__init__(*args, **kwds)¶: 初始化类。

__abstractmethods__ = frozenset({})¶

class Bio.motifs.meme.Record¶

基类：list

用于保存表情包运行结果的类。

Meme.Record是保存运行Meme的结果的对象。它不实现自己的方法。

Meme.Record类继承自List，因此您可以通过索引访问记录中的各个主题。或者，您也可以按其名称查找主题：

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'MEME')
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA
>>> motif = record['GSKGCATGTGAAA']
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA

__init__()¶: 初始化类。

__getitem__(key)¶: 返回索引键的Motif。