Bio.SeqUtils.CodonUsage模块

密码子使用的计算方法。

class Bio.SeqUtils.CodonUsage.CodonAdaptationIndex

基类:object

密码子适配索引(CAI)的实现。

实现夏普和李描述的密码子适应指数(CAI)(核酸研究,1987,2月11日;15(3):1281-95)。

注意-此实现目前不处理替代遗传密码:仅考虑标准表中的同义密码子。

__init__()

初始化类。

set_cai_index(index)

设置要在计算基因CAI时使用的指标。

只需传递一个类似于CodonUsageIndices模块中的SharpEcoliIndex的字典。

generate_index(fasta_file)

从CDS序列的FASTA文件生成密码子使用索引。

获取包含CDS序列(必须都有整数个密码子)的FASTA文件的位置,并生成密码子使用索引。

RCSU值

cai_for_gene(dna_sequence)

计算提供的DNA序列(字符串)的CAI(浮点数)。

此方法使用索引(您设置的索引或您生成的索引),并返回DNA序列的CAI。

print_index()

打印出使用的索引。

这只在打印对象时给出索引。