Bio.SeqUtils.CheckSum模块¶

用于计算分类序列校验和的函数。

Bio.SeqUtils.CheckSum.crc32(seq)¶

返回序列(String或Seq对象)的crc32校验和。

请注意，此案例很重要：

>>> crc32("ACGTACGTACGT")
20049947
>>> crc32("acgtACGTacgt")
1688586483

Bio.SeqUtils.CheckSum.crc64(s)¶

返回序列(String或Seq对象)的crc64校验和。

请注意，此案例很重要：

>>> crc64("ACGTACGTACGT")
'CRC-C4FBB762C4A87EBD'
>>> crc64("acgtACGTacgt")
'CRC-DA4509DC64A87EBD'

Bio.SeqUtils.CheckSum.gcg(seq)¶

返回序列(String或Seq对象)的GCG校验和(Int)。

给定核苷酸或氨基酸序列(或任何字符串)，返回GCG校验和(INT)。GCG程序使用的校验和。序列类型=字符串

基于BioPerl GCG_CHECKSUM。由塞巴斯蒂安·巴西改编，约翰·兰顿，巴勃罗·齐利亚尼和加布里埃尔·热内利纳帮助。

所有序列都转换为大写。

>>> gcg("ACGTACGTACGT")
5688
>>> gcg("acgtACGTacgt")
5688

Bio.SeqUtils.CheckSum.seguid(seq)¶

返回序列(String或Seq对象)的SEGUID(String)。

给定核苷酸或氨基酸序列(或任何字符串)，返回SEGUID字符串(序列全球唯一标识符)。序列类型=字符串

请注意，大小写并不重要：

>>> seguid("ACGTACGTACGT")
'If6HIvcnRSQDVNiAoefAzySc6i4'
>>> seguid("acgtACGTacgt")
'If6HIvcnRSQDVNiAoefAzySc6i4'