Bio.SeqIO.InsdcIO模块

Bio.SeqIO支持“GenBank”和“embl”文件格式。

您需要通过Bio.SeqIO函数使用此模块。请注意,在内部,该模块调用Bio.GenBank来实际解析GenBank、EMBL和IMGT文件。

另请参阅:国际核苷酸序列数据库协作http://www.insdc.org/

基因银行http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/

EMBL核苷酸序列数据库http://www.ebi.ac.uk/embl/

日本脱氧核糖核酸数据库http://www.ddbj.nig.ac.jp/

imgt(使用具有较长特征缩进的embl格式的变体)http://imgt.cines.fr/download/LIGM-DB/userman_doc.html http://imgt.cines.fr/download/LIGM-DB/ftable_doc.html http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/docs/manual.html

class Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankIterator(source)

基类:SequenceIterator

GenBank文件的解析器。

__init__(source)

将Genbank文件分解为SeqRecord对象。

参数源是以文本模式或文件路径打开的类似文件的对象。从轨迹线到终止//的每个部分都将成为具有关联注释和特征的单个SeqRecord。

请注意,对于基因组或染色体,通常只有一条记录。

对于GenBank文件格式,这将由Bio.SeqIO内部调用:

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("GenBank/cor6_6.gb", "gb"):
...     print(record.id)
...
X55053.1
X62281.1
M81224.1
AJ237582.1
L31939.1
AF297471.1

等同地,

>>> with open("GenBank/cor6_6.gb") as handle:
...     for record in GenBankIterator(handle):
...         print(record.id)
...
X55053.1
X62281.1
M81224.1
AJ237582.1
L31939.1
AF297471.1
parse(handle)

开始解析文件,并返回SeqRecord生成器。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblIterator(source)

基类:SequenceIterator

EMBL文件的解析器。

__init__(source)

将EMBL文件分解为SeqRecord对象。

参数源是以文本模式或文件路径打开的类似文件的对象。从轨迹线到终止//的每个部分都将成为具有关联注释和特征的单个SeqRecord。

请注意,对于基因组或染色体,通常只有一条记录。

对于EMBL文件格式,这将由Bio.SeqIO在内部调用:

>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("EMBL/epo_prt_selection.embl", "embl"):
...     print(record.id)
...
A00022.1
A00028.1
A00031.1
A00034.1
A00060.1
A00071.1
A00072.1
A00078.1
CQ797900.1

等同地,

>>> with open("EMBL/epo_prt_selection.embl") as handle:
...     for record in EmblIterator(handle):
...         print(record.id)
...
A00022.1
A00028.1
A00031.1
A00034.1
A00060.1
A00071.1
A00072.1
A00078.1
CQ797900.1
parse(handle)

开始解析文件,并返回SeqRecord生成器。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtIterator(source)

基类:SequenceIterator

IMGT文件的解析器。

__init__(source)

将IMGT文件拆分为SeqRecord对象。

参数源是以文本模式或文件路径打开的类似文件的对象。从轨迹线到终止//的每个部分都将成为具有关联注释和特征的单个SeqRecord。

请注意,对于基因组或染色体,通常只有一条记录。

parse(handle)

开始解析文件,并返回SeqRecord生成器。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankCdsFeatureIterator(source)

基类:SequenceIterator

GenBank文件的解析器,为每个CDS功能创建一个SeqRecord。

__init__(source)

将Genbank文件分解为每个CDS功能的SeqRecord对象。

参数源是以文本模式或文件路径打开的类似文件的对象。

从轨迹线到终止//的每个部分都可以包含许多CDS功能。这些与所述的氨基酸翻译序列(如果给定)一起返回。

parse(handle)

开始解析文件,并返回SeqRecord生成器。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblCdsFeatureIterator(source)

基类:SequenceIterator

EMBL文件的解析器,为每个CDS功能创建一个SeqRecord。

__init__(source)

将EMBL文件分解为每个CDS功能的SeqRecord对象。

参数源是以文本模式或文件路径打开的类似文件的对象。

从轨迹线到终止//的每个部分都可以包含许多CDS功能。这些与所述的氨基酸翻译序列(如果给定)一起返回。

parse(handle)

开始解析文件,并返回SeqRecord生成器。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SeqIO.InsdcIO.GenBankWriter(target, mode='w')

基类:_InsdcWriter

基因库撰稿人。

HEADER_WIDTH = 12
QUALIFIER_INDENT = 21
STRUCTURED_COMMENT_START = '-START##'
STRUCTURED_COMMENT_END = '-END##'
STRUCTURED_COMMENT_DELIM = ' :: '
LETTERS_PER_LINE = 60
SEQUENCE_INDENT = 9
write_record(record)

将单个记录写入输出文件。

class Bio.SeqIO.InsdcIO.EmblWriter(target, mode='w')

基类:_InsdcWriter

Embl编剧。

HEADER_WIDTH = 5
QUALIFIER_INDENT = 21
QUALIFIER_INDENT_STR = 'FT                   '
QUALIFIER_INDENT_TMP = 'FT   %s                '
FEATURE_HEADER = 'FH   Key             Location/Qualifiers\nFH\n'
LETTERS_PER_BLOCK = 10
BLOCKS_PER_LINE = 6
LETTERS_PER_LINE = 60
POSITION_PADDING = 10
write_record(record)

将单个记录写入输出文件。

class Bio.SeqIO.InsdcIO.ImgtWriter(target, mode='w')

基类:EmblWriter

IMGT编写器(EMBL格式变体)。

HEADER_WIDTH = 5
QUALIFIER_INDENT = 25
QUALIFIER_INDENT_STR = 'FT                       '
QUALIFIER_INDENT_TMP = 'FT   %s                    '
FEATURE_HEADER = 'FH   Key                 Location/Qualifiers\nFH\n'