Bio.SeqIO.IgIO模块

Bio.SeqIO支持“ig”(IntelliGenetics或Mase)文件格式。

此模块用于将IntelliGenetics格式文件作为SeqRecord对象进行读写。该文件格式似乎与MASE多序列比对格式相同。

您需要通过Bio.SeqIO函数使用此模块。

class Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator(source)

基类：SequenceIterator

IntelliGenetics文件的解析器。

__init__(source)

迭代IntelliGenetics记录(作为SeqRecord对象)。

以文本模式打开的类似源文件的对象，或指向文件的路径

忽略可选的自由格式文件标题行(以两个分号开头)。

每条记录开头的自由格式注释行(以分号开始)作为单个字符串记录在SeqRecord的注释字典中的“COMMENT”键下，其中嵌入了换行符。

示例

>>> with open("IntelliGenetics/TAT_mase_nuc.txt") as handle:
...     for record in IgIterator(handle):
...         print("%s length %i" % (record.id, len(record)))
...
A_U455 length 303
B_HXB2R length 306
C_UG268A length 267
D_ELI length 309
F_BZ163A length 309
O_ANT70 length 342
O_MVP5180 length 348
CPZGAB length 309
CPZANT length 309
A_ROD length 390
B_EHOA length 420
D_MM251 length 390
STM_STM length 387
VER_AGM3 length 354
GRI_AGM677 length 264
SAB_SAB1C length 219
SYK_SYK length 330

parse(handle)

开始解析文件，并返回SeqRecord生成器。

iterate(handle)

迭代IntelliGenetics文件中的记录。

__abstractmethods__ = frozenset({})