Bio.SeqIO.IgIO模块¶
Bio.SeqIO支持“ig”(IntelliGenetics或Mase)文件格式。
此模块用于将IntelliGenetics格式文件作为SeqRecord对象进行读写。该文件格式似乎与MASE多序列比对格式相同。
您需要通过Bio.SeqIO函数使用此模块。
- class Bio.SeqIO.IgIO.IgIterator(source)¶
-
IntelliGenetics文件的解析器。
- __init__(source)¶
迭代IntelliGenetics记录(作为SeqRecord对象)。
以文本模式打开的类似源文件的对象,或指向文件的路径
忽略可选的自由格式文件标题行(以两个分号开头)。
每条记录开头的自由格式注释行(以分号开始)作为单个字符串记录在SeqRecord的注释字典中的“COMMENT”键下,其中嵌入了换行符。
示例
>>> with open("IntelliGenetics/TAT_mase_nuc.txt") as handle: ... for record in IgIterator(handle): ... print("%s length %i" % (record.id, len(record))) ... A_U455 length 303 B_HXB2R length 306 C_UG268A length 267 D_ELI length 309 F_BZ163A length 309 O_ANT70 length 342 O_MVP5180 length 348 CPZGAB length 309 CPZANT length 309 A_ROD length 390 B_EHOA length 420 D_MM251 length 390 STM_STM length 387 VER_AGM3 length 354 GRI_AGM677 length 264 SAB_SAB1C length 219 SYK_SYK length 330
- parse(handle)¶
开始解析文件,并返回SeqRecord生成器。
- iterate(handle)¶
迭代IntelliGenetics文件中的记录。
- __abstractmethods__ = frozenset({})¶