Bio.Phylo.NeXMLIO模块

NeXML文件格式的I/O函数包装器。

请参阅：http://www.nexml.org

Bio.Phylo.NeXMLIO.qUri(s)

在给定前缀URI的情况下，返回完整的URI。

Bio.Phylo.NeXMLIO.cdao_to_obo(s)

(可选)将CDAO前缀URI转换为OBO前缀URI。

Bio.Phylo.NeXMLIO.matches(s)

检查CDAO和OBO名称空间中的匹配项。

exception Bio.Phylo.NeXMLIO.NeXMLError

基类：Exception

当NeXML对象构造无法继续时引发异常。

Bio.Phylo.NeXMLIO.parse(handle, **kwargs)

迭代NeXML文件句柄中的树。

返回:

Bio.Phylo.NeXML.Tree对象的生成器。

Bio.Phylo.NeXMLIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)

将NeXML格式的树写入给定的文件句柄。

返回:

写入的树数。

class Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser(handle)

基类：object

解析给定文件句柄的NeXML树。

中的解析器 Bio.Nexus.Trees 。

__init__(handle)

初始化NeXML文件解析器的参数。

classmethod from_string(treetext)

将文件句柄转换为StringIO对象。

add_annotation(node_dict, meta_node)

为NeXML解析器添加注释。

parse(values_are_confidence=False, rooted=False)

解析初始化此对象时使用的文本流。

class Bio.Phylo.NeXMLIO.Writer(trees)

基类：object

基于Bio.Nexus.Trees(str，to_string)中的编写器。

__init__(trees)

初始化NeXML编写器的参数。

new_label(obj_type)

为NeXML编写器创建新标签。

write(handle, cdao_to_obo=True, **kwargs)

将此实例的树写入文件句柄。