Bio.Phylo.NeXMLIO模块¶
NeXML文件格式的I/O函数包装器。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.qUri(s)¶
在给定前缀URI的情况下,返回完整的URI。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.cdao_to_obo(s)¶
(可选)将CDAO前缀URI转换为OBO前缀URI。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.matches(s)¶
检查CDAO和OBO名称空间中的匹配项。
- exception Bio.Phylo.NeXMLIO.NeXMLError¶
基类:
Exception
当NeXML对象构造无法继续时引发异常。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.parse(handle, **kwargs)¶
迭代NeXML文件句柄中的树。
- 返回:
Bio.Phylo.NeXML.Tree对象的生成器。
- Bio.Phylo.NeXMLIO.write(trees, handle, plain=False, **kwargs)¶
将NeXML格式的树写入给定的文件句柄。
- 返回:
写入的树数。
- class Bio.Phylo.NeXMLIO.Parser(handle)¶
基类:
object
解析给定文件句柄的NeXML树。
中的解析器
Bio.Nexus.Trees
。- __init__(handle)¶
初始化NeXML文件解析器的参数。
- classmethod from_string(treetext)¶
将文件句柄转换为StringIO对象。
- add_annotation(node_dict, meta_node)¶
为NeXML解析器添加注释。
- parse(values_are_confidence=False, rooted=False)¶
解析初始化此对象时使用的文本流。